Flexibles Docking von Protein-Nukleinsäure-Komplexen
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Im Rahmen des Projekts gelang es, ein neues elastisches Netzwerkmodel für Nukleinsäuren zu entwickeln, dass eine effiziente Beschreibung der globalen Bewegungen durch ausgewählte weiche Normalmoden erlaubt. Diese kollektiven Bewegungen können im ATTRACT-Dockingprogramm direkt als Flexibilitätsvariablen berücksichtigt werden. Zur Vorhersage der Bindung von einzelsträngiger RNA an Partnerproteine wurde ein neues Verfahren basierend auf der Zerlegung der Zeilstruktur in überlappende Trimerfragmente entwickelt. Durch Docking der Fragmente in verschiedenen möglichen Konformationen (repäsentiert in einer Konformationsbibliothek) können mögliche Bindegeometrien systematisch erzeugt werden. Nur Lösungen, die sich durch Kombination zu einem vollständigen Einzelstrang aufbauen lassen, müssen in einem zweiten Schritt bewertet werden. Die Arbeiten werden in meiner Gruppe derzeit weitergeführt.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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(2013) Elastic Network Models of Nucleic Acids Flexibility. J Chem Theory Comput. 9, 5460-70
Setny P., Zacharias M.
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(2013) Mapping the spatial neighborhood of the regulatory 6S RNA bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme. J Mol Biol. 425, 3649-61
Steuten B, Setny P, Zacharias M, Wagner R
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(2015) A Web Interface for Easy Flexible Protein-Protein Docking with ATTRACT. Biophys. J., 108, 462-465
de Vries, S. J., Schindler, C. E M., Chauvot de Beauchêne, I., Zacharias, M.
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(2016) Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach. PLoS Comput Biol, 12, pp. e1004697
Chauvot de Beauchene, I., de Vries, S. J., Zacharias, M.
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(2016) Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins, Nucl. Acids Res., 44, 4565-4580
Chauvot de Beauchene, I., de Vries, S.J., Zacharias, M.
