Functional studies of essential amino acid residues of the palm subdomain of the RNA dependent RNA polymerase (RdRp) of Tomato Bushy Stunt Virus (TBSV-BS3 Statice) and Turnip Crinkle Virus (TCV)

• Applicant: Dr. Kajohn Boonrod
• Subject Area: Plant Breeding and Plant Pathology
• Term: from 2005 to 2008
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 15233008

Das Tomato Bushy Stunt Virus (TBSV), der Repräsentant des Genus Tombusvirus und das Turnip Crinkle Virus (TCV) besitzen ein plus Strang RNA Genom, das für 5 Gene kodiert. Der erste offene Leserahmen kodiert ein 33 kDa Protein (p33), das in die virale Replikation involviert ist. Das Überlesen eines Amber Stop Codons am Ende des p33 Leserahmens fuhrt zur Bildung eines 92 kDa Fusionsproteins. Der durch das Überlesen entstandene Teil dieses Fusionsproteins enthält die bekannten konservierten RdRp Motive. Das p92 besitzt voraussichtlich die sog. Finger (Finger), Palm (Handfläche) und Thumb (Daumen) Sub-Domänen von RdRps. Die Palm Sub-Domaine der Tombusvirus RdRp enthält die 5 Motive, die in allen Klassen von Polymerasen gefunden werden können. Die Sekundärstruktur der meisten dieser Motive ist bei den zur Supergruppe 2 gehörigen (+) Strang viralen RdRps hoch konserviert. Es existieren jedoch Unterschiede in der Aminosäure Sequenz und sogar in der Sekundärstruktur z.B. des Motivs E: Bei Tombusviren wird für das Motiv E eine Alpha Helix als Sekundärstruktur vorausgesagt, wohingegen das Motiv E in vielen anderen RdRps wie z.B. der Poliovirus RdRp (3Dpol) oder der Hepatitis B virus RdRp eine Beta Faltblatt Struktur annimmt. Untersuchungen dieser Motive sollen dazu fuhren, die Funktion der TBSV und TCV RdRp aufzuklären und mit der Funktion anderer RdRps aus derselben Supergruppe zu vergleichen. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen werden auch ermöglichen, neue anti-virale Wirkstoffe zu entwickeln und virale Vektoren für das Molecular Pharming zu optimieren.

• DFG Programme: Research Grants