CoCoNUT: Ein Software-System zum multiplen Genomvergleich

• Applicant: Professor Dr. Enno Ohlebusch
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2005 to 2008
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 16627878

Die Kernmethode der vergleichenden Genomanalyse (comparative genomics) besteht aus dem Vergleich des Genoms eines Organismus mit dem eines oder mehrerer anderer Organismen (paarweiser bzw. multipler Vergleich). Durch Genomvergleiche versucht man u.a. herauszufinden, warum bestimmte Stämme eines Bakteriums resistent gegen Antibiotika oder pathogen sind, andere hingegen nicht. Diese Vergleiche werden durch die Größe der Datenmengen erheblich erschwert. Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil, dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder nur einzelne Aufgaben unterstützen. Daher soll das Software-System CoCoNUT (Computational Comparative Genomics Utility Toolkit) entwickelt werden, das mehrere Aufgaben eines multiplen Genomvergleichs effizient unterstützt. Dazu werden DNA bzw. Aminosäuresequenzen, die im Laufe der Evolution in allen Genomen konserviert wurden, mit neu entwickelten Methoden effizient identifiziert. Die gefundenen konservierten Regionen sollen die Grundlage zur Vorhersage von Genomumstrukturierungen und Genen bilden. Die u. U. sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht werden.

• DFG Programme: Research Grants