Integrierte genomische und proteomische Untersuchungen klinischer Gewebeproben
Final Report Abstract
Seit Jahrzehnten werden weltweit Formalin-fixierte und in Paraffin-eingebettete (FFPE) Gewebeproben routinemäßig zur histopathologischen Krankheitsdiagnose verwendet. In den letzten Jahren tragen molekulare Analysen auf Ebene von Nukleinsäuren und Proteinen verstärkt zur Identifikation neuer diagnostischer Marker und möglicher Therapieziele bei. Basierend auf dem in unserem Institut bereits etablierten Protokoll zur Analyse von Proteinen aus FFPE-Geweben, konnten wir innerhalb des Förderzeitraumes ein Protokoll erarbeiten, mit dem die gleichzeitige Analyse von Nukleinsäuren und Proteinen aus einer einzigen Probe möglich erschien. Trotz der viel versprechenden Ausgangslage ergaben sich im Lauf der detaillierten Analysen Schwierigkeiten, die eine Anwendung der Methode fraglich erscheinen lassen. Es zeigte sich, dass das beschriebene Protokoll sich bestenfalls zur Validierung zuvor gut charakterisierter Marker an wertvollen klinischen Proben eignet, da sich in unseren Screening basierten Versuchen für einige der untersuchten Kandidaten deutliche Abweichungen zum bereits etablierten Verfahren zur Nukleinsäureextraktion aus FFPE-Geweben ergaben. Im Rahmen dieser Studie ist es uns nicht gelungen miRNAs zu identifizieren, die mit der Regulation der klinischen Marker uPA und PAI-1 in Verbindung stehen. Aus diesem Grund erfolgten keine weiterführenden funktionellen Analysen der hier untersuchten Kandidaten. Aufgrund dieses Rückschlags soll die Untersuchung von miRNAs mit Hilfe dieser Methode nicht weiter verfolgt werden, da zweifelhaft erscheint, dass auf diesem Wege valide und reproduzierbare Ergebnisse erzielt werden können. Es ist jedoch denkbar, die entwickelte Methode in weiteren Projekten zur Mutationsanalyse heranzuziehen, da die Ergebnisse auf DNA-Ebene sich in unseren Versuchen stabiler zeigten. Diese Methodik könnte in geplanten Projekten zur Analyse von Kolon- und Ovarialkarzinomen zur Anwendung kommen. Dabei wollen wir uns vor allem auf den Zusammenhang zwischen karzinogenen Mutationen (z.B. KRAS, BRAF) und der Aktivierung von verwandten Signalwegen (Phospho-Proteine) konzentrieren.
