Kartenbasierte und Funktionsorientierte genomische Ansätze zur Analyse der Vererbung und Ausprägung von Merkmalen des Wasserbindungsvermögens in kommerziellen Schweinepopulationen
Final Report Abstract
Das ehrgeizige Ziel des Projekts war die Identifizierung und molekulare Analyse von Genorten (QTL), die den Tropfsaftverlust im Fleisch kommerzieller Schweinepopulationen beeinflussen. Hierzu wurde eine genomweite Assoziationsstudie (GWAS) an 192 reinrassigen KB-Ebern und 334 Mastendprodukten (Kreuzungstiere) kommerzieller schweizerischer Schweinepopulationen durchgeführt. Alle Tiere wurden mit dem illumina porcine SNP60 Beadchip genotypisiert, welcher 62‘163 Marker umfasst. Für jeden Marker wurde die allelische Assoziation zu 26 Zuchtwerten für wirtschaftlich wichtige Merkmale berechnet. Im Rahmen dieser Analyse konnten wir in diesem Material leider keinen einzigen QTL für Tropfsaftverlust identifizieren. Wir konnten aber insgesamt vier QTL für drei andere wirtschaftlich wichtige Merkmale identifizieren und zwar jeweils einen QTL für die Merkmale pH1 und Schlachtkörperlänge sowie zwei QTL für das Merkmal Hinterbeinstellung. Die gewonnen Daten liefern wichtige Erkenntnisse zur Populationsstruktur von kommerziellen Schweinepopulationen und zeigen, dass GWAS-Analysen in solchen Populationen idealerweise mit noch höheren Markerdichten und Tierzahlen durchgeführt werden sollten. Die relativ schlechte Qualität der Referenzgenomsequenz des Schweins führt zu Unsicherheiten bezgl. Markerabstand und Markerreihenfolge, welche die Analyse zusätzlich erschweren. Zu einem der detektieren QTL für die Hinterbeinstellung wurden weitere Feinkartierungsarbeiten durchgeführt und eine nicht-synonyme Variante im MYO10 Gen als möglicherweise kausal für den QTL identifiziert.
Publications
- (2011) QTL-Kartierung für das Fleischqualitätsmerkmal Tropfsaftverlust beim Schwein. Frühjahrstagung der Schweizerischen Vereinigung für Tierproduktion (SVT) in Zollikofen, Schweiz, 29.03.2011
D Becker, K Wimmers., H Luther, A Hofer, T Leeb
- (2013) A genome-wide association study to detect QTL for commercially important traits in Swiss Large White boars. PLoS One 8, e55951
D Becker, K Wimmers, H Luther, A Hofer, T Leeb
(See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055951) - (2013) A variant in MYO10 is associated with hind limb conformation in Swiss Large White boars. Anim Genet
D Becker, H Luther, A Hofer, T Leeb
(See online at https://doi.org/10.1111/age.12111)
