Effekte der Thrombozyten- Aktivierung auf die Signaltransduktion und die differentielle Proteinexpression bei inflammatorischen Prozessen und deren therapeutische Beeinflussung.
Final Report Abstract
Es bot sich mir die einmalige Gelegenheit Transkriptome Daten verschiedener Thrombozyten-Präparationen zu untersuchen. Ein Vergleich mit Thrombozyten- Transkripten von jüngeren Probanden (Kontrollgruppe) als auch Transkripten von PMN, Monozyten und Megakaryozyten zeigte, dass es signifikante Unterschiede in den Thrombozyten-Transkripten von septischen und älteren Probanden gibt. Diese wäre ein erster Hinweis auf die Verwendung solcher Unterschiede als mögliche Biomarker. Die Transkriptome-Analyse birgt aber auch viele Gefahren, wie das MFN2 (Mitofusin 2) Projekt gezeigt hat. Das neue (noch nicht annotierte) Exon von MFN2 war sehr viel versprechen. Anhand der Transfektionsexperimente mit den ORF konnte ich zeigen, dass das neu gefundene Startcodon zu einer neuen Proteinvariante führt. Doch konnten diese Variante nicht in den Thrombozyten gefunden werden. Dabei blieben alle Bemühungen auf die Frage, warum Thrombozyten diese Transkriptvariante haben, erfolglos. Die IFITM Proteine sind hingegen sehr aussichtsreiche Kandidaten zur Identifizierung als neue Biomarker. Die Auswertung der NGS Datensätze zeigte eine regulierte Transkript-Expression für IFITM 1, IFITM 2 und IFITM 3. In weiterführenden Experimenten konnten ich zeigen, dass IFITM 3 sowohl auf RNA- als auch auf Protein- Ebene in Sepsis Patienten vermehrt exprimiert wird. Die Transkriptome-Analyse ist eine sehr elegante Methode, um die Gesamtheit der Transkripte einer Zellpopulation zu untersuchen. Dabei können auch Unterschiede von Zellpopulationen in verschiedenen Krankheits- oder Versuchsbedingungen analysiert werden. Wie sich gezeigt hat, sind signifikante Unterschiede im Transkriptome nicht immer mit Veränderungen im Proteome verbunden. Es ist aber unabdingbar die gewonnen Transkriptome Informationen auch im Proteome zu verifizieren. Dies ermöglicht dann die Identifizierung von funktionalen Biomarkern.
Publications
- 11/2013 AHA (Dallas, Texas, USA). The Absence of Mitochondrial Fusion Protein Optic Atrophy (OPA)-1 Exacerbates Platelet Dysfunction
Rhonda A Souvenir, Jesse W Rowley, Trevor P Fidler, Sebastian Schubert, Jamie Soto, Andrew S Weyrich, E. Dale Able
- 01/2014 Keystone conference (Keystone, Colorado, USA). Platelet Specific Knockout of Glucose Transporter 1 Leads to Altered Platelet Function
Trevor P. Fidler, Kale Dale, Jesse W. Rowley, Karen Oliveira, Sebastian Schubert, Andrew S. Weyrich and E. Dale Able
- A guided tour through the platelet transcriptom. Blood. 2014 Jun 5. pii: blood-2014-04-512756 [Epub ahead of print]
Sebastian Schubert, Andrew S. Weyrich, Jesse W. Rowley
(See online at https://doi.org/10.1182/blood-2014-04-512756)
