Novel Protocol for the Design of High Affinity and Specific Protein Ligands

• Applicant: Dr. Lothar Reich
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2010 to 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 174243049

Ich beabsichtige ein leistungsfähiges Protokoll für das Design hochaffiner und spezifischer Proteinliganden zu entwickeln. Mein Projekt beinhaltet die Verknüpfung computergestützten Proteindesigns mit gerichteten Evolutionsexperimenten. Dabei werde ich die unterschiedlichen, einander ergänzenden Stärken beider Methoden ausnutzen: Rechnerische Verfahren können bei der Suche nach potentiellen Bindern eine große Anzahl in Frage kommender Aminosäuresequenzen evaluieren. Gerichtete Evolutionsexperimente besitzen zwar eine geringere Kapazität, dafür aber eine größere Genauigkeit in der Identifikation tatsächlicher Liganden. Als Testszenario für die Effektivität des Protokolls wird die Erzeugung spezifischer Liganden von anti-apototischen Mitgliedern der Bcl-2 Proteinfamilie dienen. Generell wird meine Designstrategie darin bestehen zunächst in silico diverse Aminosäuresequenzen zu finden, die potentielle Binder repräsentieren. Auf Basis dieser Sequenzen werde ich dann eine Expressionsbibliothek konstruieren und durch gerichtete Evolution spezifische Liganden isolieren. Darüber werde ich mit Hilfe von Hochdurchsatzverfahren sowohl die Bindungsstärken als auch die Sequenzen aller exprimierten Bibliotheksmitglieder bestimmen.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: USA
• Host: Professorin Dr. Amy Keating