SFB 716: Dynamische Simulation von Systemen mit großen Teilchenzahlen
Biologie
Informatik, System- und Elektrotechnik
Maschinenbau und Produktionstechnik
Materialwissenschaft und Werkstofftechnik
Mathematik
Physik
Wärmetechnik/Verfahrenstechnik
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Simulationen stellen ein ideales Werkzeug dar, um komplexe Fragestellungen zu den Grundlagen der kondensierten Materie, zu Materialeigenschaften und zu biochemischen oder verfahrenstechnischen Prozessen zu klären. Die meisten dieser Fragen sind gar nicht oder nur sehr aufwändig durch theoretische Beschreibungen oder Experimente zu beantworten. Simulationen bestimmter Modelle können auf vielerlei Skalen betrieben werden, je nachdem welches Problem gelöst werden soll. Im SFB 716 wurden verschiedenste Problemstellungen aus dem natur- und ingenieurwissenschaftlichen Umfeld der Universität Stuttgart mittels Teilchenmethoden untersucht, sowohl auf atomistischer Längenskala wie in Proteinen oder der DNS, aber auch auf der makroskopischen Millimeterskala, wie bei Bruchvorgängen in granularen Festkörpern oder der Partikelaggregation in turbulenten Strömungen. Ein großer Vorteil der Teilchensimulationen ist, dass die Lücke zwischen quantenmechanischen Ab-initio-Verfahren und vergröberten Kontinuumsmethoden ohne phänomenologische Annahmen geschlossen werden kann. Sie wurden daher erfolgreich in Multiskalen-Hybridrechnungen eingesetzt. Große Herausforderungen bestanden darin, genaue und effizient implementierbare Kraftfelder zu entwickeln, gut durchdachte Vergröberungen durchzuführen, neue Algorithmen zu entwickeln, Software für moderne Hardwarearchitekturen anzupassen und zu optimieren, und schließlich die enormen Datenmengen der Simulationsergebnisse durch geeignete Visualisierungsverfahren und Datenreduktionsmechanismen auszuwerten und verständlich aufzubereiten. Im Rahmen der Zusammenarbeit der Projektleiter und Bearbeiter, die aus sechs unterschiedlichen Fakultäten kamen, wurde ein weitreichendes Verständnis der physikochemischen Grundlagen sowie der anwendungsrelevanten Fragestellungen, aber auch viele neuen Lösungsstrategien entwickelt. Der SFB 716 hat sich in den letzten zwölf Jahren intensiv mit der Entwicklung, Optimierung und Validierung von Teilchensimulationsalgorithmen, Programmcodes, Visualisierungsmethoden und Kraftfeldern sowie der Übertragung der Ergebnisse auf experimentell zugängliche Systeme, und damit auf die Überprüfbarkeit der benutzten Modelle durch die Realität konzentriert. Hierzu wurden insbesondere die Simulationsprogrammpakete IMD, Pasimodo, ESPResSo, sowie das Visualisierungsframework MegaMol weiterentwickelt, aber auch Methoden in andere Softwareumgebungen integriert, validiert, und optimiert. Das Anwendungsspektrum der Methoden reichte dabei von der Agglomeration von Rußteilchen, Goldnanopartikeln, oder supramolekularen Komplexen, über das Festigkeitsverhalten von Kupferbasislegierungen, der Laserabtragung von Materialien, hin zu Proteinwechselwirkungen, der Sequenzierung von DNS in Nanoporen, oder Entfaltungspfaden von bestimmten DNS-Konformationen, um nur einige Beispiele zu nennen. Daneben wurden viele neuartige Algorithmen im HPC-Bereich entwickelt, und interaktive Visualisierungstechniken und Datenanalysen implementiert. Daneben hat der SFB 716 aber auch wesentlich zur Weiterentwicklung der Partikelmethoden im Exzellenzcluster SimTech beigetragen, sowie ebenfalls aktiv das Lehrangebot im Elite-Bachelor- und Masterstudiengang "Simulation Technology“ erweitert. Letztendlich haben SFB 716 Mitglieder dadurch auch einen Beitrag zum Erfolg des neuen Exzellenzclusters „Daten-integrierte Simulationswissenschaft“ geleistet.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
-
"Femtosecond laser ablation of aluminium," Applied Surface Science, vol. 255, pp. 9742-9744, 2009
Sonntag, S.; Roth, J.; Gaehler, F. & Trebin, H.-R.
-
"Interactive visualization of molecular surface dynamics," IEEE transactions on visualization and computer graphics, vol. 15, pp. 1391-1398, 2009
Krone, M.; Bidmon, K. & Ertl, T.
-
"Implicit method for simulating electrohydrodynamics of polyelectrolytes," Physical review letters, vol. 105, p. 148301, 2010
Hickey, Owen A.; Holm, Christian; Harden, James L. & Slater, Gary W.
-
"Applying ICC* to DNA translocation. Effect of dielectric boundaries," Computer Physics Communications, vol. 182, pp. 33-35, 1 2011
Kesselheim, Stefan; Sega, Marcello & Holm, Christian
-
"Simulation of crack propagation in alumina with ab initio based polarizable force field," The Journal of chemical physics, vol. 136, p. 084707, 2012
Hocker, Stephen; Beck, Philipp; Schmauder, Siegfried; Roth, Johannes & Trebin, Hans-Rainer
-
"Visualization of electrostatic dipoles in molecular dynamics of metal oxides," IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, vol. 18, pp. 2061-2068, 2012
Grottel, S.; Beck, P.; Muller, C.; Reina, G.; Roth, J.; Trebin, H-R & Ertl, T.
-
"A quadratically-converging nudged elastic band optimizer," Journal of chemical theory and computation, vol. 9, pp. 3498-3504, 2013
Bohner, Matthias U.; Meisner, Jan & Kästner, Johannes
-
"Atomistic visualization of mesoscopic whole-cell simulations using raycasted instancing," in Computer Graphics Forum, vol.32, pp. 195-206, 2013
Falk, Martin; Krone, Michael & Ertl, Thomas
-
"Fluorescent nanodiamonds derived from HPHT with a size of less than 10 nm," Diamond and Related Materials, vol. 37, pp. 80-86, 2013
Boudou, Jean-Paul; Tisler, Julia; Reuter, Rolf; Thorel, Alain; Curmi, Patrick A.; Jelezko, Fedor & Wrachtrup, Joerg
-
"Molecular-sized fluorescent nanodiamonds," Nature nanotechnology, vol. 9, p. 54, 2014
Vlasov, Igor I.; Shiryaev, Andrey A.; Rendler, Torsten; Steinert, Steffen; Lee, Sang-Yun; Antonov, Denis; Vörös, Márton; Jelezko, Fedor; Fisenko, Anatolii V.; Semjonova, Lubov F.; Biskupek, Johannes; Kaiser, Ute; Lebedev, Oleg I.; Sildos, Ilmo; Hemmer, Philip. R.; Konov, Vitaly I.; Gali, Adam & Wrachtrup, Jörg
-
"Optically controlled switching of the charge state of a single nitrogen-vacancy center in diamond at cryogenic temperatures," Physical review letters, vol. 110, p. 167402, 2013
Siyushev, P.; Pinto, H.; Vörös, M.; Gali, A.; Jelezko, F. & Wrachtrup, J.
-
"Tracer diffusion in a crowded cylindrical channel," Physical Review E, vol. 87, p. 062709, 2013
Chakrabarti, Rajarshi; Kesselheim, Stefan; Košovan, Peter & Holm, Christian
-
"Effective potentials between gold nano crystals-- functional dependence on temperature," Molecular Simulation, vol. 41, pp. 1153-1158, 2015
Bauer, G.; Lange, A.; Gribova, N.; Holm, C. & Gross, J.
-
"MD-Simulations on Metallic Alloys," in High Performance Computing in Science and Engineering ‘14, Springer, pp. 153-162, 2015
Hummel, Martin; Prskalo, Alen-Pilip; Binkele, Peter & Schmauder, Siegfried
-
"Mobility reversal of polyelectrolyte-grafted colloids in monovalent salt solutions," Physical review letters, vol. 113, p. 238301, 2014
Raafatnia, Shervin; Hickey, Owen A. & Holm, Christian
-
"Modeling nanoparticle agglomeration using local interactions," Aerosol Science and Technology, vol. 48, pp. 842-852, 2014
Inci, G.; Arnold, A.; Kronenburg, A. & Weeber, R.
-
"Origin of Current Blockades in Nanopore Translocation Experiments," Physical Review Letters, vol. 112, no. 1, p. 018101, 2014
Kesselheim, Stefan; Müller, Wojciech & Holm, Christian
-
"MegaMol—a prototyping framework for particlebased visualization," IEEE transactions on visualization and computer graphics, vol. 21, pp. 201-214, 2015
Grottel, Sebastian; Krone, Michael; Muller, Christoph; Reina, Guido & Ertl, Thomas
-
"Peptides in the presence of aqueous ionic liquids: tunable co-solutes as denaturants or protectants?," Physical Chemistry Chemical Physics, vol. 17, pp. 26049- 26053, 2015
Lesch, Volker; Heuer, Andreas; Tatsis, Vasileios A.; Holm, Christian & Smiatek, Jens
-
"Synergistic substrate and oxygen activation in salicylate dioxygenase revealed by QM/MM simulations," Angewandte Chemie International Edition, vol. 55, pp. 1168-1172, 2016
Roy, Subhendu & Kästner, Johannes
-
"Threading DNA through nanopores for biosensing applications," Journal of physics: condensed Matter, vol. 27, p. 273101, 2015
Fyta, Maria
-
"Atomistic modeling of flexoelectricity in periclase," Physical Review B, vol. 93, p. 024105, 2016
Chatzopoulos, Andreas; Beck, Philipp; Roth, Johannes & Trebin, Hans-Rainer
-
"Binding of solvent molecules to a protein surface in binary mixtures follows a competitive langmuir model," Langmuir, vol. 32, pp. 8960-8968, 2016
Kulschewski, Tobias & Pleiss, Jürgen
-
"Diamondoid-functionalized gold nanogaps as sensors for natural, mutated, and epigenetically modified DNA nucleotides," Nanoscale, vol. 8, pp. 10105-10112, 2016
Sivaraman, Ganesh; Amorim, Rodrigo G.; Scheicher, Ralph H. & Fyta, Maria
-
"Laser ablation of Al--Ni alloys and multilayers," Applied Physics A, vol. 122, p. 500, 2016
Roth, Johannes; Trebin, Hans-Rainer; Kiselev, Alexander & Rapp, Dennis-Michael
-
"Open boundary conditions for ISPH and their application to micro-flow," Journal of Computational Physics, vol. 307, pp. 614-633, 2016
Hirschler, Manuel; Kunz, Philip; Huber, Manuel; Hahn, Friedemann & Nieken, Ulrich
-
"Three-body effects in triplets of capped gold nanocrystals," Molecular Physics, vol. 115, pp. 1031-1040, 2017
Bauer, Gernot; Gribova, Nadezhda; Lange, Alexander; Holm, Christian & Gross, Joachim
-
"Langevin dynamics simulation of transport and aggregation of soot nano-particles in turbulent flows," Flow, Turbulence and Combustion, vol. 98, pp. 1065-1085, 2017
Inci, G.; Kronenburg, A.; Weeber, R. & Pflüger, D.
-
"Molecular dynamics investigations of the strengthening of Al-Cu alloys during thermal ageing," Physical Mesomechanics, vol. 20, pp. 291-304, 2017
Verestek, W.; Prskalo, A.-P.; Hummel, M.; Binkele, P. & Schmauder, S.
-
"Molecular surface maps," IEEE transactions on visualization and computer graphics, vol. 23, pp. 701-710, 2017
Krone, Michael; Friess, Florian; Scharnowski, Katrin; Reina, Guido; Fademrecht, Silvia; Kulschewski, Tobias; Pleiss, Jurgen & Ertl, Thomas
-
"Tailoring spin defects in diamond by lattice charging," Nature Communications, vol. 8, p. 15409, 2017
Fávaro de Oliveira, Felipe; Antonov, Denis; Wang, Ya; Neumann, Philipp; Momenzadeh, Seyed Ali; Häußermann, Timo; Pasquarelli, Alberto; Denisenko, Andrej & Wrachtrup, Jörg
-
"Aqueous ionic liquids in comparison with standard co-solutes," Biophysical reviews, pp. 1-16, 2018
Oprzeska-Zingrebe, Ewa Anna & Smiatek, Jens
-
"Influence of compatible solute ectoine on distinct DNA structures: thermodynamic insights into molecular binding mechanisms and destabilization effects," Physical Chemistry Chemical Physics, vol. 20, pp. 25861-25874, 2018
Oprzeska-Zingrebe, Ewa Anna; Meyer, Susann; Roloff, Alexander; Kunte, Hans-Jörg & Smiatek, Jens
-
"Interpretation of cytochrome P450 monooxygenase kinetics by modeling of thermodynamic activity," Journal of inorganic biochemistry, vol. 183, pp. 172-178, 2018
Ferrario, Valerio; Hansen, Niels & Pleiss, Jürgen
-
"Modeling of pore formation in phase inversion processes: Model and numerical results," Journal of Membrane Science, vol. 564, pp. 820-831, 2018
Hopp-Hirschler, Manuel & Nieken, Ulrich
-
"Precipitation strengthening in Cu--Ni--Si alloys modeled with ab initio based interatomic potentials," The Journal of chemical physics, vol. 149, p. 024701, 2018
Hocker, Stephen; Lipp, Hansjörg; Eisfeld, Eugen; Schmauder, Siegfried & Roth, Johannes
-
"Thermodynamic Characterization of the Dimerization of an Anionic Perylene Bisimide Dye Using Molecular Simulation," The Journal of Physical Chemistry C, 2018
Baz, Jörg & Hansen, Niels
-
"A particle localization algorithm on unstructured curvilinear polynomial meshes," Computer Physics Communications, vol. 235, pp. 63- 74, 2019
Ortwein, Philip; Copplestone, Stephen M.; Munz, Claus-Dieter; Binder, Tilman; Reschke, Wladimir & Fasoulas, Stefanos
-
"A Particle-in-Cell solver based on a high-order hybridizable discontinuous Galerkin spectral element method on unstructured curved meshes," Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, vol. 349, pp. 149-166, 2019
Pfeiffer, M.; Hindenlang, F.; Binder, T.; Copplestone, S.M.; Munz, C.-D. & Fasoulas, S.
-
"Thermophysical properties of glyceline–water mixtures investigated by molecular modelling," Phys. Chem. Chem. Phys., vol. 21, pp. 6467-647 , 2019
Baz, Jörg; Held, Christoph; Pleiss, Jürgen & Hansen, Niels
