Hochdurchsatz-Sequenzierer
Final Report Abstract
Der bewilligte Hochdurchsatzsequenzierer wurde seit seiner Installation in der zentralen universitären Genomics Core Facility (KFB) in einer Vielzahl von wissenschaftlichen Projekten genutzt. Dabei trat das KFB entweder als reiner Technologie-Dienstleister auf (Fee-for-service), oder war als Projektpartner direkt an der wissenschaftlichen Arbeit beteiligt (v. a. im Rahmen der Mitgliedschaft im Sonderforschungsbereich 960 „Die Bildung von Ribosomen: Grundlagen der RNP-Biogenese und Kontrolle ihrer Funktion“). Zusätzlich zur geräteseitigen Durchführung der Sequenzierungen führte das KFB häufig auch die vorbereitenden Tätigkeiten (Probenvorbereitung, Library Präparation) durch, so dass mittlerweile ein umfangreiches technisches Know-How sowie ein großer Fundus an Methoden und Protokollen in der Core Facility entstanden sind. Einen Schwerpunkt der Arbeiten bildete klassisches mRNA Profiling aus tierischen oder pflanzlichen Zellen und Geweben. Daneben wurde Methodenentwicklung betrieben mit dem Ziel, effizientes Expression Profiling bei stark limitierter Probenmenge zu ermöglichen. So wurde in einer Zusammenarbeit mit dem Lehrstuhl für Pflanzenphysiologie ein Protokoll zur mRNA-Expressionsanalyse aus wenigen Dutzend mikrodissoziierten pflanzlichen Zellen erarbeitet. Außerdem wurde an der Etablierung von RNA-Seq und DNA-Seq aus einzelnen metastasierenden Krebszellen mitgearbeitet. Eine weitere Klasse von Projekten beschäftigte sich mit der Identifikation der genomweiten Bindestellen Nukleinsäure-bindender Faktoren (Transkriptionsfaktoren oder Faktoren, die an der mRNA/miRNA-Prozessierung beteiligt sind: ChIP-Seq/RIP-Seq). Diese Projekte wurden zu einem wesentlichen Teil innerhalb des SFB 960 mit verschiedenen Partnern durchgeführt. Im Zentrum einer Zusammenarbeit mit dem Institut für Innere Med III des Universitätsklinikums Regensburg standen epigenetische Fragestellungen wie die Untersuchung spezifischer Veränderungen des genomweiten Methylierungsmusters in Tumoren. Ein weiteres Projekt beschäftigt sich mit der Entwicklung eines Verfahrens zur Sequenzierung von miRNAs aus kleinsten Probenmengen, sowie der bioinformatorischen Aufarbeitung entsprechender Datensätze. Die Ergebnisse aus diesen Studien sollen interessierten Gruppen innerhalb des SFB960 nutzbar gemacht werden. de-Novo Sequenzierungen von Genomen bzw. Transkriptomen verschiedener Invertebraten und pflanzlicher Isolate (Zusammenarbeit mit dem LS für Zoologie bzw. dem LS für Pflanzenphysiologie) runden das Applikationsspektrum der ersten drei Jahre seit Inbetriebnahme des Hochdurchsatzsequenzierers ab.
Publications
- Dynamic epigenetic enhancer signatures reveal key transcription factors associated with monocytic differentiation states. Blood 119, el 61 -71 (2012)
Pham TH, Benner C, Lichtinger M, Schwarzfischer L, Hu Y, Andreesen R, Chen W, Rehli M
- Mechanisms of in-vivo binding site selection of the hematopoietic master transcription factor PU.1. Nucleic Acids Res. 41:6391 -6402 (2013)
Pham TH, Minderjahn J, Schmidl C, Hoffmeister H, Schmidhofer S, Chen W, Längst G, Benner C, Rehli, M
- An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455-461 (2014)
Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jargensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki, Y, Müller, F, Forrest ARR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A
(See online at https://doi.org/10.1038/nature12787) - Sequence and ionomic analysis of divergent strains of maize inbred line B73 with an altered growth phenotype. PLoS ONE May 7;9(5):e96782 (2014)
Mascher M, Gerlach N, Gahrtz M, Bucher M, Scholz U, Dresselhaus T
(See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096782) - The enhancer and promoter landscape of human regulatory and conventional T cell subpopulations. Blood 123, e90-9 (2014)
Schmidl C, Hansmann L, Lassmann T, Balwierz PJ, Kawaji H, Itoh M, Kawai J, Nagao-Sato S, Suzuki H, Andreesen R, Hayashizaki Y, Forrest ARR, Carninci P, Hoffmann P, Edinger M, Rehli M
(See online at https://doi.org/10.1182/blood-2013-02-486944) - Transcription and enhancer profiling in human monocyte subsets. Blood 123, e68-78 (2014)
Schmidl C, Renner K, Peter K, Eder R, Lassmann T, Balwierz PJ, Itoh M, Nagao-Sato S, Kawaji H, Carninci P, Suzuki H, Hayashizaki Y, Andreesen R, Hume DA, Hoffmann P, Forrest ARR, Kreutz MP, Edinger M, Rehli M
(See online at https://doi.org/10.1182/blood-2013-02-484188) - Transcriptome sequencing of melanocytic nevi and melanomas from Grm1 transgenic mice to determine melanoma driver mutations. Pigment Cell & Melanoma Research, 27 (4): 678-680 (2014)
de Jel MM, Engelmann JC, Kunz M, Schiffner S, Kuphal S, Bosserhoff AK
(See online at https://doi.org/10.1111/pcmr.12244)
