Genome Sequencer

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 179056002

• Final Report Year: 2014

Final Report Abstract

Das Gerät wird im Rahmen der Core Facility für Deep Sequencing am BIOTEC/CRTD betrieben. Die in 2010 etablierte Facility stellt qualitativ hochwertige wissenschaftliche Services und Entwicklungen im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierung (Next Generation Sequencing, NGS) für die Forschungsgruppen am BIOTEC / CRTD, aber auch darüber hinaus zur Verfügung. Die Services der Facility umfassen die Berabeitung von Projekten vom Sample bis zu den Rohdaten, teilweise bis zur Datenauswertung für die Applikationen DNA Resequencing, RNA-Sequencing, ChIP-Sequencing, Rezeptorprofiling, Barcode Sequencing und Targeted Resequencing. Die Sequenzierung der generierten Sequenzierbibliotheken aus den obigen Anwendungen erfolgt mit dem beschafften System. Dabei konnten über die Zeit teilweise sehr anspruchsvolle Methoden entwickelt und etabliert werden.

Publications

• Acute inflammation initiates the regenerative response in the adult zebrafish brain. Science. 2012 Dec 7;338(6112):1353-6
  Kyritsis N, Kizil C, Zocher S, Kroehne V, Kaslin J, Freudenreich D, Iltzsche A, Brand M
  
• Regenerative neurogenesis from neural progenitor cells requires injury-induced expression of Gata3. Dev Cell. 2012 Dec 11;23(6):1230-7
  Kizil C, Kyritsis N, Dudczig S, Kroehne V, Freudenreich D, Kaslin J, Brand M
  
• The chemokine receptor cxcr5 regulates the regenerative neurogenesis response in the adult zebrafish brain. Neural Dev. 2012 Jul 23;7:27
  Kizil C, Dudczig S, Kyritsis N, Machate A, Blaesche J, Kroehne V, Brand M
  
• Measuring T cell receptor and T cell gene expression diversity in antigen-responsive human CD4+ T cells. J Immunol Methods. 2013 Dec 31;400-401:13-22.
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• Mouse SAMHD1 has antiretroviral activity and suppresses a spontaneous cell-intrinsic antiviral response. Cell Rep. 2013 Aug 29;4(4):689-96
  Behrendt R, Schumann T, Gerbaulet A, Nguyen LA, Schubert N, Alexopoulou D, Berka U, Lienenklaus S, Peschke K, Gibbert K, Wittmann S, Lindemann D, Weiss S, Dahl A, Naumann R, Dittmer U, Kim B, Mueller W, Gramberg T, Roers A
  
• Reactivating head regrowth in a regeneration-deficient planarian species. Nature. 2013 Aug 1;500(7460):81-4
  Liu SY, Selck C, Friedrich B, Lutz R, Vila-Farre M, Dahl A, Brandl H, Lakshmanaperumal N, Henry I, Rink JC
  
• The histone demethylase UTX regulates stem cell migration and hematopoiesis. Blood. 2013 Mar 28;121(13):2462-73
  Thieme S, Gyarfas T, Richter C, Özhan G, Fu J, Alexopoulou D, Muders MH, Michalk I, Jakob C, Dahl A, Klink B, Bandola J, Bachmann M, Schröck E, Buchholz F, Stewart AF, Weidinger G, Anastassiadis K, Brenner S
  
• Transcriptome sequencing during mouse brain development identifies long non-coding RNAs functionally involved in neurogenic commitment. EMBO J. 2013 Dec 11;32(24):3145-60
  Aprea J, Prenninger S, Dori M, Ghosh T, Monasor LS, Wessendorf E, Zocher S, Massalini S, Alexopoulou D, Lesche M, Dahl A, Groszer M, Hiller M, Calegari F
  
• Clonal expansion capacity defines two consecutive developmental stages of long-term hematopoietic stem cells. J Exp Med. 2014 Feb 10;211(2):209-15
  Grinenko T, Arndt K, Portz M, Mende N, Günther M, Cosgun KN, Alexopoulou D, Lakshmanaperumal N, Henry I, Dahl A, Waskow C
  (See online at https://doi.org/10.1084/jem.20131115)
• Multiplexing clonality: combining RGB marking and genetic barcoding. Nucleic Acids Res. 2014 Apr;42(7):e56
  Cornils K, Thielecke L, Hüser S, Forgber M, Thomaschewski M, Kleist N, Hussein K, Riecken K, Volz T, Gerdes S, Glauche I, Dahl A, Dandri M, Roeder I, Fehse B
  (See online at https://doi.org/10.1093/nar/gku081)
• SAMHD1 prevents autoimmunity by maintaining genome stability. Ann Rheum Dis. 2014 Jan 29
  Kretschmer S, Wolf C, König N, Staroske W, Guck J, Häusler M, Luksch H, Nguyen LA, Kim B, Alexopoulou D, Dahl A, Rapp A, Cardoso MC, Shevchenko A, Lee-Kirsch MA
  (See online at https://doi.org/10.1136/annrheumdis-2013-204845)
• The age and genomic integrity of neurons after cortical stroke in humans. Nat Neurosci. 2014 Jun;17(6):801-3
  Huttner HB, Bergmann O, Salehpour M, Racz A, Tatarishvili J, Lindgren E, Csonka T, Csiba L, Hortobagyi T, Mehes G, Englund E, Solnestam BW, Zdunek S, Scharenberg C, Ström L, Stahl P, Sigurgeirsson B, Dahl A, Schwab S, Possnert G, Bernard S, Kokaia Z, Lindvall O, Lundeberg J, Frisen J
  (See online at https://doi.org/10.1038/nn.3706)
• The earliest transcribed zygotic genes are short, newly evolved, and different across species. Cell Rep. 2014 Jan 30;6(2):285-92
  Heyn P, Kircher M, Dahl A, Kelso J, Tomancak P, Kalinka AT, Neugebauer KM
  (See online at https://doi.org/10.1016/j.celrep.2013.12.030)