High-Performance-Computing-Cluster und Speichersystem

• Term: Funded in 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 190763824

• Final Report Year: 2015

Final Report Abstract

Der High-Performance-Computing-Clusterr wird für das wissenschaftliche Hochleistungsrechnen an der Freien Universität Berlin eingesetzt. Er dient als zentrales Rechenleistungsangebot der gleichzeitigen Abarbeitung einer großen Zahl von Rechenaufträgen, bei denen Programme mit unterschiedlich hohen Anforderungen an die Ressourcen Prozessoren und Hauptspeicher ausgeführt werden. Die meiste Rechenzeit wird von Nutzern aus den Fächern Chemie, Pharmazie und Physik abgenommen, die molekulare Systeme verschiedener Größe von wenigen Atomen bis zu Festkörperoberflächen und Proteinen mit dem Methodenspektrum von klassischer Molekulardynamik bis hin zu ab initio Beschreibungen untersuchen. Weitere Anwendungsgebiete sind Klimaberechnungen, DNA-Sequenzanalysen, Pharmakokinetik, Grammatiken, Signalauswertung aus fMRT-Messungen und statistische Untersuchungen (Wirtschaftswissenschaften). Über die Softwareumgebung werden zentral die wichtigsten Pakete aus den Fachgebieten bereit gestellt und Werkzeuge und Bibliotheken für die parallele Programmentwicklung angeboten. Es werden vor allem moderat-parallele Rechnungen und trivial-parallele Rechnungen durchgeführt (Capacity Computing).

Publications

• Eigensystem representation of the electronic susceptibility tensor for intermolecular interactions within density functional theory. J. Chem. Theory Comput. 8, 106-111 (2012)
  Scherrer, A.; Verschinin, V. & Sebastiani, D.
  
• Computations of 36 Tautomer/Isomer Equilibria of Different Lactams. Journal of Physical Chemistry A 2012, 116, 6885-6893
  Galstyan, Gegham & Knapp, Ernst-Walter
  
• First Principles Calculations of NMR chemical shifts of Liquid Water at an Amorphous Silica Interface. Z. Phys. Chem. 226, 1415-1424 (2012)
  Guo, Xiang Yang; Watermann, Tobias; Keane, Shane; Allolio, Christoph & Sebastiani, Daniel
  
• Spectroscopic Fingerprints of Toroidal Nuclear Quantum Delocalization via abinitio Path Integral Simulations. J. Comp. Chem. 34, 827-835 (2013)
  Schütt, Ole & Sebastiani, Daniel
  
• Exploring the Possible Role of Glu286 in CcO by Electrostatic Energy Computations Combined with Molecular Dynamics. J. Phys. Chem. B 117 (2013) 12432 – 12441
  Woelke, Anna Lena; Galstyan, Gegham; Galstyan, Artur; Meyer, Tim; Heberle, Joachim & Knapp, Ernst-Walter
  
• First principles calculation of inhomogeneous broadening in solid-state cw-EPR spectroscopy. Phys. Chem. Chem. Phys., 15, 16082-16089, (2013)
  Elgabarty, Hossam; Wolff, Milian; Glaubitz, Adrian; Hinderberger, Dariush & Sebastiani, Daniel
  
• Quantum effects on translation and rotation of molecular chlorine in solid para-hydrogen. Molecular Physics, 2013
  Accardi, Antonio & Schmidt, Burkhard
  
• Unraveling the existence of dynamic water channels in light-harvesting proteins: alpha- C-phycocyanobilin in vitro. Chem. Sci., 2013,4, 755-763
  Elgabarty, Hossam; Schmieder, Peter & Sebastiani, Daniel
  
• Water-Free Proton Conduction in Hexakis(p-Phosphonatophenyl)benzene Nanochannels. J. Phys. Chem. C, 117, 12366-12372 (2013)
  Wehmeyer, Christoph; Schrader, Manuel; Andrienko, Denis & Sebastiani, Daniel
  
• Rotationally adiabatic pair interactions of para- and ortho-hydrogen with the halogen molecules F_2 , Cl_2 , and Br_2. J. Chem. Phys. 141, 074303 (2014)
  Berg, Matthias; Accardi, Antonio; Paulus, Beate & Schmidt, Burkhard