High-Performance-Computing-Cluster und Speichersystem
Final Report Abstract
Der High-Performance-Computing-Clusterr wird für das wissenschaftliche Hochleistungsrechnen an der Freien Universität Berlin eingesetzt. Er dient als zentrales Rechenleistungsangebot der gleichzeitigen Abarbeitung einer großen Zahl von Rechenaufträgen, bei denen Programme mit unterschiedlich hohen Anforderungen an die Ressourcen Prozessoren und Hauptspeicher ausgeführt werden. Die meiste Rechenzeit wird von Nutzern aus den Fächern Chemie, Pharmazie und Physik abgenommen, die molekulare Systeme verschiedener Größe von wenigen Atomen bis zu Festkörperoberflächen und Proteinen mit dem Methodenspektrum von klassischer Molekulardynamik bis hin zu ab initio Beschreibungen untersuchen. Weitere Anwendungsgebiete sind Klimaberechnungen, DNA-Sequenzanalysen, Pharmakokinetik, Grammatiken, Signalauswertung aus fMRT-Messungen und statistische Untersuchungen (Wirtschaftswissenschaften). Über die Softwareumgebung werden zentral die wichtigsten Pakete aus den Fachgebieten bereit gestellt und Werkzeuge und Bibliotheken für die parallele Programmentwicklung angeboten. Es werden vor allem moderat-parallele Rechnungen und trivial-parallele Rechnungen durchgeführt (Capacity Computing).
Publications
- Computations of 36 Tautomer/Isomer Equilibria of Different Lactams. Journal of Physical Chemistry A 2012, 116, 6885-6893
G. Galstyan G., E.W. Knapp
(See online at https://dx.doi.org/10.1021/jp302569g) - Eigensystem representation of the electronic susceptibility tensor for intermolecular interactions within density functional theory. J. Chem. Theory Comput. 8, 106-111 (2012)
A. Scherrer, V. Verschinin and D. Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1021/ct200695y) - First Principles Calculations of NMR chemical shifts of Liquid Water at an Amorphous Silica Interface. Z. Phys. Chem. 226, 1415-1424 (2012)
X. Guo, T. Watermann, S. Keane, C. Allolio and D.Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1524/zpch.2012.0290) - Exploring the Possible Role of Glu286 in CcO by Electrostatic Energy Computations Combined with Molecular Dynamics. J. Phys. Chem. B 117 (2013) 12432 – 12441
A.L. Woelke, G. Galstyan, A. Galstyan, T. Meyer, J. Heberle, E.W. Knapp
(See online at https://dx.doi.org/10.1021/jp407250d) - First principles calculation of inhomogeneous broadening in solid-state cw-EPR spectroscopy. Phys. Chem. Chem. Phys., 15, 16082-16089, (2013)
H. Elgabarty, M. Wolff, A. Glaubitz, D. Hinderberger, D. Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1039/C3CP51938D) - Quantum effects on translation and rotation of molecular chlorine in solid para-hydrogen. Molecular Physics, 2013
Antonio Accardia and Burkhard Schmidt
(See online at https://doi.org/10.1080/00268976.2013.868086) - Spectroscopic Fingerprints of Toroidal Nuclear Quantum Delocalization via abinitio Path Integral Simulations. J. Comp. Chem. 34, 827-835 (2013)
O. Schütt and D. Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1002/jcc.23206) - Unraveling the existence of dynamic water channels in light-harvesting proteins: alpha- C-phycocyanobilin in vitro. Chem. Sci., 2013,4, 755-763
Hossam Elgabarty, Peter Schmieder and Daniel Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1039/C2SC21145A) - Water-Free Proton Conduction in Hexakis(p-Phosphonatophenyl)benzene Nanochannels. J. Phys. Chem. C, 117, 12366-12372 (2013)
C. Wehmeyer, M. Schrader, D. Andrienko, D. Sebastiani
(See online at https://dx.doi.org/10.1021/jp4035024) - Rotationally adiabatic pair interactions of para- and ortho-hydrogen with the halogen molecules F_2 , Cl_2 , and Br_2. J. Chem. Phys. 141, 074303 (2014)
Matthias Berg, Antonio Accardia, Beate Paulus, and Burkhard Schmidt
(See online at https://doi.org/10.1063/1.4892599)
