Liquid Chromatography/Mass Spectrometer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Gerät kam in zahlreichen Untersuchungen im Rahmen des Gerätezentrums BioSupraMol und des SFB958 („Einrüstung von Membranen - Molekulare Mechanismen und zelluläre Funktionen“) zur Erfassung und Quantifizierung des Proteoms in verschiedenen biologischen Systemen zum Einsatz, u.a. im Bereich der Alzheimer-Forschung und der Krebsdiagnostik, z.B. 1. Untersuchung von Proteinen aus dem CSF von Alzheimer-Patienten mit hoher Bindungsaffinität zu Sphingomyelin-Liposomen über SPR Biacore Recovery und Identifizierung dieser Proteine mit dem Orbitrap-Massenspektrometer (Alzheimer-Forschung) 2. Quantitative Proteomanalyse von Proben aus mit dem Alzheimer-Peptid Aß42 behandelten Neuroblastoma-Zellen (Alzheimer-Forschung) 3. Identifizierung der gamma-Sekretase-Schnittstelle im Transmembransegment von APLP1 durch Analyse des C-terminalen Fragments (Alzheimer-Forschung) 4. Auswirkungen eines Arfrp1-Knockdowns auf die Proteinzusammensetzung von Lipid Droplets aus 3T3-L1 Adipozyten der Maus (label-freie Quantifizierung) 5. SILAC-gestützte Quantifizierung von STOML3 Interaktionspartnern in N2A Zellen (Mechanotransduktion durch Zellen) 6. Quantitative Proteomanalyse von Proben aus TLR7 KO Mäusen nach Behandlung mit Imiquimod und Let7b Knockdown (angeborene Immunität) 7. Identifizierung von Proteinen, die an spezifische CD154-Aptamere binden (Krebsdiagnostik) 8. Identifizierung neuer Interaktionspartner von IRS4 mittels Koimmunopräzipitation (Signaltransduktion). Weiter wurde es zur Methodenentwicklung im Bereich shotgun proteomics eingesetzt (Arbeiten zur Vorfraktionierung hochkomplexer Peptidproben mittels IPG-basierter isoelektrischer Fokussierung zur Erfassung von Proteinen mit geringer Abundanz).
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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IPG Strip-Based Peptide Fractionation for Shotgun Proteomics. Methods Mol Biol (2014) 1156: 67-77
Eravci M, Sommer C, Selbach M
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Alzheimer amyloid peptide aβ42 regulates gene expression of transcription and growth factors. J Alzheimers Dis. (2015) 44:613-24.
Barucker C … Eravci M … Multhaup G
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Caloric restriction and intermittent fasting alter hepatic lipid droplet proteome and diacylglycerol species and prevent diabetes in NZO mice. Biochim Biophys Acta (2015) 1851:566-76
Baumeier C … Weise C, Eravci M, … Schürmann A.
