Next Generation Sequencer

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 196684394

• Final Report Year: 2016

Final Report Abstract

Unsere Core Unit (Transkriptomanalyselabor, TAL) ist eine wissenschaftliche Serviceeinrichtung der Universitätsmedizin Göttingen (UMG, http://www.uni-bc.gwdg.de/index.php?id=661). Die Serviceeinrichtung wird über Planmittel der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) finanziert und setzt 80 % seiner Kapazität als Serviceleistungen ein. Im Rahmen der verbleibenden 20 % werden eigene wissenschaftliche Projekte, die auch der Methodenentwicklung dienen, durchgeführt. Neben den Arbeitsgruppen der UMG stehen die Serviceleistungen des TAL auch anderen Gruppen des Göttingen Campus (GC) zur Verfügung. Den Regeln guter wissenschaftlicher Praxis folgend wird mit den erbrachten wissenschaftlichen Servicearbeiten kein Anspruch auf Co-Autorschaften verbunden; dies erfolgt nur im Rahmen wissenschaftlicher Kooperationen, die sich nur auf wenige Projekte beschränken. Seit der Verfügbarkeit des Geräts sind im TAL insgesamt 461 NGS-Projekte durchgeführt worden. Mit dem Gerät konnten überwiegend Grundlagen- und Klinische Projekte durchgeführt werden. Insbesondere Anwendung zur Analyse ganzer Genome (Genomforschung) hinsichtlich der zellulären Umsetzung der genetischen Information (Genetik) und der Regulation dieser Vorgänge (Transkriptomik und Epigenetik) koennten realisiert werden. Alle Methoden und Probenvorbereitungen sind seit 2011 etabliert und werden ständig auf dem aktuellen Stand der Technik gehalten. Insgesamt sind es bis heute 45 Publikationen entstanden (davon 21 Ko-Autorschaften vom TAL).

Publications

• CD14 is a key organizer of microglial responses to CNS infection and injury. Glia. 2015 Dec 18
  Janova H, Böttcher C, Holtman IR, Regen T, van Rossum D, Götz A, Ernst AS, Fritsche C, Gertig U, Saiepour N, Gronke K, Wrzos C, Ribes S, Rolfes S, Weinstein J, Ehrenreich H, Pukrop T, Kopatz J, Stadelmann C, Salinas-Riester G, Weber MS, Prinz M, Brück W, Eggen BJ, Boddeke HW, Priller J, Hanisch UK
  
• Central role of Th2/Tc2 lymphocytes in pattern II multiple sclerosis lesions. Ann Clin Transl Neurol. 2015 Sep;2(9):875-93
  Planas R, Metz I, Ortiz Y, Vilarrasa N, Jelčić I, Salinas-Riester G, Heesen C, Brück W, Martin R, Sospedra M
  
• Destabilization of pluripotency in the absence of Mad2l2. Cell Cycle. 2015 Apr 30:0
  Pirouz M, Rahjouei A, Shamsi F, Eckermann KN, Salinas- Riester G, Pommerenke C, Kessel M
  
• Global analysis of asymmetric RNA enrichment in oocytes reveals low conservation between closely related Xenopus species. Mol Biol Cell. 2015 Nov 1;26(21):3777-87
  Claußen M, Lingner T, Pommerenke C, Opitz L, Salinas G, Pieler T
  
• mRNA profiling reveals determinants of trastuzumab efficiency in HER2-positive breast cancer. PLoS One. 2015 Feb 24;10(2):e0117818
  von der Heyde S, Wagner S, Czerny A, Nietert M, Ludewig F, Salinas-Riester G, Arlt D, Beißbarth T
  
• Next generation sequencing of sexspecific genes in the livers of obese ZSF1 rats. Genomics. 2015 Jul 19, 30021-5
  Babelova A, Burckhardt BC, Salinas-Riester G, Pommerenke C, Burckhardt G, Henjakovic M
  
• Non-viral generation of marmoset monkey iPS cells by a six-factor-in-onevector approach. PLoS One. 2015 Mar 18;10(3):e0118424
  Debowski K, Warthemann R, Lentes J, Salinas- Riester G, Dressel R, Langenstroth D, Gromoll J, Sasaki E, Behr R
  
• Sensing Cardiac Electrical Activity With a Cardiac Myocyte-Targeted Optogenetic Voltage Indicator. Circ Res. 2015 Aug 14;117(5):401-12
  Chang Liao ML, de Boer TP, Mutoh H, Raad N, Richter C, Wagner E, Downie BR, Unsöld B, Arooj I, Streckfuss-Bömeke K, Döker S, Luther S, Guan K, Wagner S, Lehnart SE, Maier LS, Stühmer W, Wettwer E, van Veen T, Morlock MM, Knöpfel T, Zimmermann WH
  
• The oxidative demethylase ALKBH3 marks hyperactive gene promoters in human cancer cells. Genome Med. 2015 Jun 30;7(1):66
  Liefke R, Windhof- Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas- Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S
  
• Thymocyte-derived BDNF influences T-cell maturation at the DN3/DN4 transition stage. Eur J Immunol. 2015 May;45(5):1326- 38
  Linker RA, Lee DH, Flach AC, Litke T, van den Brandt J, Reichardt HM, Lingner T, Bommhardt U, Sendtner M, Gold R, Flügel A, Lühder F