GRK 1431:  Transcription, Chromatin Structure and DNA Repair in Development and Differentiation

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: from 2006 to 2015
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 20292752

• Final Report Year: 2016

Final Report Abstract

Eine zentrale Frage der Biologie ist, wie die genetisch programmierte Informationsvorlage der DNA-Sequenz in ein komplexes Genexpressionsprogramm umgesetzt wird, das zur Ausbildung verschiedener Zelltypen und letztendlich eines gesamten Organismus führt. Besonderes Augenmerk hat hierbei die zellspezifische Modifikation von DNA und den DNA-organisierenden Proteinen, die entscheidende Prozesse wie Transkription und DNA- Reparatur steuern und regulieren. Das GRK1431 ging dieser Frage gezielt nach, indem es die Expertise von Arbeitsgruppen aus den Forschungsbereichen (1) Transkription und Transkriptionsfaktoren, (2) Transkriptionskontrolle in Entwicklung und Differenzierung, (3) epigenetische Modifikation und (4) DNA-Reparatur und Chromosomen-Segregation komplementär bündelte. Von den dadurch erzielten Synergieeffekten profitierten die Doktorand/innen des GRK, die Forschungsprojekte sowie der Forschungsstandort gleichermaßen. Den Doktorand/innen wurde eine zugleich breite wie vertiefte wissenschaftliche Ausbildung und Promotion in diesem aktuellen Forschungsfeld geboten. Diese wurde durch ein strukturiertes Lehrprogramm, regelmäßige internationale Tagungen und den Austausch mit anderen Forschungsinstitutionen weltweit verstärkt. Die so gestaltete Ausbildung bildete die Basis für erfolgreiche Karriere-Entwicklungen der Graduierten in Industrie und akademischer Forschung. Die strukturierte Zusammenarbeit im GRK hat ebenfalls zu erheblicher Stimulation der Forschungsprojekte geführt, wodurch zahlreiche neue und spannende Erkenntnisse erzielt werden konnten, die durch Veröffentlichungen in hochrangigen Journalen belegt sind. Hervorzuheben sind hier Forschungsbeiträge mit Relevanz für Immunologie, Tumorbiologie und Alterungsprozesse. Nicht zuletzt hat das GRK damit zur Entwicklung einer aktiven und kooperativen Forschungslandschaft am Standort beigetragen, die eine ausgezeichnete Voraussetzung für Nachwuchsförderung und weitere kooperative Initiativen bietet.

Publications

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• (2010). Determination und Differenzierung der Niere in der Embryogenese von Xenopus
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  Saningong, Akuma
  
• (2010). The role of homologous recombination repair in the processing of G2-chromosomal breaks and maintenance of G2-checkpoint
  Soni , Aashish
  
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  Marrero Coto, Jeannette
  
• (2011). Deregulation von microRNA und Mutationen des Tumorsuppressorsgens CYLD im Hodgkin-Lymphom
  Schmidt, Annette
  
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  Eremeev, Andrey A.
  
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• (2014). Die Rolle der Rho-GTPase RhoA in der Transkriptionskontrolle der Matrix Metalloproteinase 9 (MMP9) in U-2 OS Zellen
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• (2014). Quantitative Assessment of Dimer Formation by Hypoxia Inducible Transcription Factor Subunits HIF-1α and HIF-2α“
  Hu, Jun
  
• (2014): Einfluss der Überexpression von CD83 und microRNA183 in CD4+ T-Zellen
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• (2014): The role of the AAA-ATPase p97 in the regulation of cell cycle checkpoint activation in response to DNA damage
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  Pöpsel, S, Sprengel, A, Sacca, B. Kaschani, F, Kaiser, M, Gatsogiannis, C, Raunser, S, Clausen, T, and M Ehrmann
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  Hartmann-Fatu C, Trusch F, Moll CN, Michin I, Hassinen A, Kellokumpu S, Bayer P
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• (2015) MINCR is a MYC-induced lncRNA able to modulate MYC’s transcriptional network in Burkitt lymphoma cells Proc Natl Acad Sci USA 112, E5261-E5270
  Doose G, Haake A, Bernhart SH, López C, Duggimpudi S, Wojciech F, Bergmann AK, Borkhardt A, Burkhardt B, Claviez A, Dimitrova L, Haas S, Hoell JI, Hummel M, Karsch D, Klapper W, Kleo K, Kretzmer H, Kreuz M, Küppers R, Lawerenz C, Lenze D, Loeffler M, Mantovani-Löffler L, Möller P, Ott G, Richter J, Rohde M, Rosenstiel P, Rosenwald A, Schilhabel M, Schneider M, Scholz I, Stilgenbauer S, Stunnenberg HG, Szczepanowski M, Trümper L, Weniger MA, ICGC MMML-Seq Consortium, Hoffmann S, Siebert R, Iaccarino I
  (See online at https://doi.org/10.1073/pnas.1505753112)
• (2015) The complexity of the human memory B cell compartment is determined by the versatility of clonal diversification in germinal centres Proc Natl Acad Sci USA, 112: E5281-E5289
  Budeus B, Schweigle de Reynoso S, Przekopowitz M, Hoffmann D, Seifert M, Küppers R
  (See online at https://doi.org/10.1073/pnas.1511270112)
• (2015). Analysis of interaction between hypoxia-inducible transcription factor (HIF) proteins using Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) microscopy. Acta Physiologica 213, Supplement s699: 54
  Pisarenko I., Bernardini A., Otto T., Hu J., Fandrey J.
  (See online at https://doi.org/10.1111/apha.12483)
• (2015). Molekulare Mechanismen in der Pathogenese des klassischen Hodgkin-Lymphoms
  Schneider, Markus
  
• (2015). Untersuchungen zur Bedeutung der DNA-Methylierung und methylierungsmodulierender Enzyme in verschiedenen Zellsystemen
  Grosser, Christian
  
• (2015). Untersuchungen zur Regulation und Bedeutung der Serinprotease HTRA1 in Tumorzellen
  Ripkens, Kamilla
  
• (2016) DNA methylation dynamics during B cell maturation underlie a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia. Nat Genet 48(3):253-64
  Oakes CC, Seifert M, Assenov Y, Gu L, Przekopowitz M, Ruppert AS, Wang Q, Imbusch CD, Serva A, Koser SD, Brocks D, Lipka DB, Bogatyrova O, Weichenhan D, Brors B, Rassenti L, Kipps TJ, Mertens D, Zapatka M, Lichter P, Döhner H, Küppers R, Zenz T, Stilgenbauer S, Byrd JC, Plass C
  (See online at https://doi.org/10.1038/ng.3488)
• (2016) Recurrent alterations of TNFAIP3 (A20) in T-cell large granular lymphocytic leukemia. Int J Cancer 138: 121-124
  Johansson P, Bergmann A, Rahmann S, Wohlers I, Scholtysik R, Przekopowitz M, Seifert M, Tschurtschenthaler G, Webersinke G, Jäger U, Siebert R, Klein-Hitpass L, Dührsen U, Dürig J, Küppers R
  (See online at https://doi.org/10.1002/ijc.29697)
• Interaktionsanalyse der Hypoxie-induzierbaren Transkriptionsfaktoren HIF-2α und ARNT unter Berücksichtigung der Einflussnahme durch den HIF-2α-Liganden N-(3-Chloro-5-fluorophenyl)-4-nitrobenzo[c][1,2,5]oxadiazol-5-amine und verschiedener HIF-2α-Mutationen. Dissertation, Duisburg, Essen, Universität Duisburg-Essen, 2018
  Pisarenko, Irina