Sequenzierung des Genoms spezifischer endosymbiontischer Bakterien der Schilkäfer (Col., Chrysomelidae, Donaciinae)
Final Report Abstract
Ziel des Projektes ist die Sequenzierung des Genoms einer Bakterienart, die als Symbiont in der Schilfkäferart Macroplea mutica lebt. Die Bakterien sind an der Bildung eines Sekretes beteiligt, mit dessen Hilfe sich die Käferlarven einen Kokon zur Verpuppung bauen. Das Genom soll Aufschluss über gegenseitige Anhängigkeit der Symbiosepartner und physiologische Interaktionen ergeben. Für die Sequenzierungen wurden verschiedene Techniken der Hochdurchsatzsequenzierung genutzt. Mit der Roche 454-Technologie wurde zunächst kein ausreichender Datensatz generiert. Dies ist vermutlich auf die Qualität und Menge der eingesetzten DNA zurückzuführen. Aufgrund der Kosten für diese Sequenzierungen wurde immer viel Zeit aufgewendet für Zwischenauswertungen und Abschätzungen von Datenqualität und –menge. Gegen Ende des Berichtszeitraumes wurden von kommerziellen Anbietern zwei weitere Sequenziertechniken entwickelt und erschwinglich. Durch Nutzung beider Ansätze steht jetzt ein umfangreicher Datensatz zur Verfügung, für dessen Auswertung eine Migration vom PC zum Großrechner nötig ist. Naturgemäß enthalten die Daten DNA-Sequenzen von Käfern und Bakterien, was aber aufgrund der hohen Zahl der Sequenzen nicht zu Problemen führen sollte. Eine Vorsortierung nach organismischer Zugehörigkeit ist bioinformatisch möglich.
