Erste Analysen zur Vorbereitung der Speicherung von Simulationsexperimenten für Modelle neuronaler Systeme in der Simulation Experiment Description Markup-Language (SED-ML).

• Antragstellerin: Professorin Dr. Dagmar Waltemath
• Fachliche Zuordnung: Kognitive, systemische und Verhaltensneurobiologie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2012
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 209722183

Ziel des Forschungsvorhabens ist die Erweiterung einer Beschreibungssprache für Simulationsexperimente biologischer Computermodelle für das Anwendungsgebiet der Neuroinformatik. Die Antragstellerin hat sich in den vergangenen Jahren mit der Entwicklung eines Speicher- und Austauschformats für Simulationsexperimente in der Systembiologie (SED-ML) beschäftigt. Auf dem Gebiet der Reaktionsnetzwerkmodellierung ist das Format mittlerweile anerkannt. Es wird von verschiedener Simulationssoftware unterstützt.Ziel dieses Projektes ist es, die Erweiterung von SED-ML vorzubereiten und somit auch andere Bereiche der systembiologischen Modellierung und Simulation abzudecken. Das Interesse der Neurowissenschaften an dem Austauschformat führte bereits zum Ideenaustausch mit Mitgliedern der INCF. Nun soll konkret an der Umsetzung der Anforderungen an Simulationsexperimente in den Neurowissenschaften gearbeitet, und diese in SED-ML umgesetzt werden.Zur Realisierung bewirbt sich die Antragstellerin um ein dreimonatiges Forschungsstipendium in der Gruppe von Prof. Dr. Hans Plesser (UMB). Die Gruppe verfügt sowohl über die notwendige Expertise mit neuronalen Simulationsmodellen und deren Simulationen, als auch über das notwendige Wissen über Standardisierungsbestrebungen in der Systembiologie. Weiterhin entwickelt die Gruppe einen eigenen Simulator (NEST), der er ermöglicht die vorgeschlagenen Erweiterungen der SED-ML direkt an der Software umzusetzen und zu testen.

• DFG-Verfahren: Forschungsstipendien
• Internationaler Bezug: Norwegen
• Gastgeber: Professor Dr. Ekkehard Plesser