Programmierung einer graphischen Schnittstelle zur Erleichterung der Erstellung von Nukleinsäuremodellen aus Röntgenkristalldaten

• Applicant: Dr. Tim Grüne
• Subject Area: Structural Biology
• Term: from 2012 to 2013
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 221504764

Der Antragsteller hat eine Methode veröffentlicht, die effektiv und effizient die Hauptbausteine von DNS und RNS, nämlich Phosphate und Basen, in röntgenkristallographischen Daten plaziert. Diese Methode bildet damit die Vorarbeit zu einer Veröffentlichung von Keating und Pyle , die ebendiese Bausteine benutzt, um ein chemisch sinnvolles Molekülmodell zu erstellen.Keating und Pyle haben ihre Arbeit durch eine graphische Schnittstelle (“Plugin”) zum Programm coot der Forschergemeinschaft zur Verfügung gestellt. Coot ist das de facto Standardprogramm zur Erstellung makromolekularer Modelle in der Röntgenkristallographie. Coot erlaubt es Programmierern mithilfe der Programmiersprachen python oder scheme auf einfache Weise, graphische Schnittstellen zu ihren eigenen Programmen zu erzeugen. Aufgabe der beantragten Hilfskraft ist es, für das von Gruene und Sheldrick beschriebene Programm ebenfalls eine graphische Schnittstelle zu coot zu erzeugen. Die Verbindung mit Keatings und Pyles Arbeit wird es damit erheblich erleichtern, kristallographische Modelle für DNS und RNS zu erzeugen und außerdem zur Verbreitung der von Gruene und Sheldrick beschriebenen Methode führen.

• DFG Programme: Research Grants