Triple Quadrupol-Massenspektrometer mit Trap-Funktion

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 223860832

Die Core-Facility MS-Proteinanalytik übernimmt für andere Arbeitsgruppen der MHH die Identifizierung und Analyse von Proteinen und komplexen Proteomen. Die bestehende Ausstattung ist vollständig ausgelastet. So kann nur ein kleiner Teil der Möglichkeiten der Massenspektrometrie genutzt werden. Für die label-freie Quantifizierung von Peptiden/Proteinen und ihren posttranslationalen Modifikationen mittels gerichteter Analysen (targeted proteomics) und multiple reaction monitoring (MRM) sind die vorhandenen Geräte nicht geeignet. Daher wird hier ein Triple-Quadrupol MS-System beantragt, das idealerweise für die Quantifizierung von Peptiden verwendet wird. Für die Etablierung von MRM-Assays für Peptide/Proteine ist es erforderlich, dass das verwendete Triple-Quadrupol-Massen-spektrometer auch MS/MS Spektren generieren kann. Dazu muss der dritte Quadrupol-Analysator über eine Trap-Funktion verfügen, die MS/MS-Messungen erlaubt. Damit werden die MRM-verifiziert. Mit dem hier beantragten Triple-Quadrupol-MS werden für interessante regulierte Proteine die z.B. in SILAC-Analysen identifiziert wurden, geeignete MRM-Analysen entwickelt. So können sie mit dieser Mmarkierungs-freien Analytik quantifiziert werden. Dies dient der Verifizierung der Ergebnisse und er-laubt neue Freiheitsgrade, da einmal etablierte MRM-Analysen schnelle Messungen für eine große Anzahl an Proben ermöglichen. So können z.B. Kinetiken über die Veränderung eines Proteins in Abhängigkeit von einem Stimulus hochaufgelöst bestimmt werden. Absolute Quantifizierungen sollen durch den Einsatz von Peptiden als interne Standards erfolgen, die mit stabilen schweren Isotopen markiert sind. Neben der Quantifizierung von Peptiden/Proteinen sollen auch posttranslationale Modi-fikationen wie Phosphorylierungen, SUMOylierungen und Glykosylierungen quantifiziert werden. Ge-rade die Aktivierung und Inaktivierung regulatorischer Proteine über Phosphorylierungen kann so ge-nau und spezifisch quantifiziert werden. Ein nanoLC-System für die Kopplung an das Triple-Quadrupol-MS steht im Labor zur Verfügung.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Instrumentation Group: 1700 Massenspektrometer
• Applicant Institution: Medizinische Hochschule Hannover
• Leader: Professor Dr. Andreas Pich