Maldi-TOF Genotypisierungsgerät
Final Report Abstract
Mit dem beantragten Gerätesystem wurde eine notwendige Ergänzung zur Komplettierung eines leistungsfähigen und international konkurrenzfähigen state-of-the-art Schwerpunktes für die Hochdurchsatz Genetik/Epigenetik und funktionelle Genomik an der Universität des Saarlandes erreicht. Die beantragte technologische Plattform schloss eine bestehende Lücke im mittleren Durchsatzbereich, insbesondere für den Bereich der Epigenetik (DNA-Methylierungen) und der Genotypisierungen, die den unmittelbaren Bedarf mehrerer renommierter klinischer und grundlagenwissenschaftlicher Forschergruppen abdeckt. Im Detail wurden mit dem Gerätesystem kostengünstig benutzerdefinierte Untersuchungen und Replikationen von DNA-Methylierungen (Human und Maus) sowie struktureller Genvarianten bei verschiedenen Erkrankungen und für die Pharmakogenomik durchgeführt. Mit der Plattform wurde an der UdS eine nachhaltige Basis für die Umsetzung einer individualisierten Medizin, eine Erweiterung der Epigenomik Plattformen und eine sinnvolle Ergänzung für systembiologisch orientierte Forschungsansätze geschaffen. Das beantragte Gerätesystem wurde genutzt um (i) höhergradige Plexe (iPlexe) für die Genotypisierung , u.a. auch von seltenen single nucleotide variations (SNVs), (ii) pharmakogenetische Untersuchungen mittels des iPLEX ADME Panels, (iii) flexible DNA-Methylierungsanalysen von höchster Qualität zeitnah und kostengünstig durchführen zu können. Vorwiegend wurde das Gerät in folgenden Forschungsprojekten genutzt: Replikation struktureller Genvarianten (SNVs/CNVs) bei neurodegenerativen Erkrankungen, wie der Alzheimer Krankheit (AD) und der Frontotemporalen Lobärdegeneration (FTLD) im Rahmen der NGFN Förderung sowie der internationalen GWAS Konsortien bei AD (IGAP) und FTLD. Replikation und Erweiterung zu Assoziationen zwischen SNVs und quantitativen klinischen Merkmalen (Erkrankungsalter, kognitive Leistungsfähigkeit, Liqiormarker, MRT und PET). Replikation und Validierung epigenetischer DNA-Methylierungsmuster bei AD. Aufbau und Etablierung einer Pharmakogenetischen Forschungs- und Diagnostik Plattform. Untersuchungen zu Assoziationen zwischen miRNA-Signaturen, SNVs und Methylierungsmustern bei Patienten mit soliden Tumoren (Lungentumore, Prostatakarzinome und Wilms-Tumore). Bestimmungen von CNVs an Glioblastomen. Analysen von Methylierungsmuster und CNV Analysen in Inzuchtmauslinien (BXD, CC). Analyse von Methylierungsmustern in primären Zellen der Inzuchtmauslinien (Hepatozyten, hepatische Sternzellen). Replikationen GWAS basierter SNVs und CNVs in Patientenkohorten (HEPNET). Replikationen von Methylierungsmustern bei EGFR-I Resistenz diverser Krebszellen (DEEP).
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