nano-Elektrospray-Ultra-High-Resolution Massenspektrometer mit ETD
Final Report Abstract
Die hohe Messgeschwindigkeit, kombiniert mit einer exzellenten Messgenauigkeit, hat dieses Gerät zu einem unverzichtbaren Messinstrument in der massenspektrometrischen Technologieplattform des Institutes gemacht. Der Einsatzbereich erstreckt sich von der Charakterisierung einzelner Proteine (z.B. Modifikationen) über die Bestimmung funktioneller Interaktionspartner in Multiproteinkomplexen (Interaktomics) bis zur Analyse hochkomplexer Proteinmischungen aus Zellen und Geweben (Proteomics). Neben der rein qualitativen Bestimmung von Proteomen wurden zahlreiche quantitative Applikationen unter Nutzung dieses Messgerätes etabliert. Diese gestatten eine relative (Label-freie Quantifizierung) oder auch eine absolute Quantifizierung (z.B. AQUA-Technologie) der untersuchten Proteinmischungen. Während die absolute Quantifizierung zur Berechnung der Stöchiometrie von Multiproteinkomplexen verwendet wird, werden relative Quantifizierungen vorrangig zur vergleichenden Betrachtung lerninduzierter Veränderungen im synaptischen Proteom verschiedener Tiermodelle genutzt. Darüber hinaus wird das Messgerät maßgeblich zur Identifizierung von Proteinmodifikationen an Kandidatenproteinen verwendet. Neben der Charakterisierung sehr dynamisch regulierter Proteinphosphorylierungen rücken in der letzten Zeit weitere Modifikationen (Methylierung, Acetylierung) in den Untersuchungsfokus. Wie aus den aufgeführten Publikationen ersichtlich, unterstützt das Massenspektrometer die experimentellen Arbeiten in den Forschungsprojekten des Institutes, sowie Projekte in den Forschungsverbünden der Universität. Zudem wird das Gerät im Rahmen nationaler und internationaler Forschungskooperationen sehr häufig genutzt. Das hochauflösende Massenspektrometer erfüllte bislang die im Beschaffungsantrag gestellten hohen Erwartungen zur vollsten Zufriedenheit. Es befindet sich bis auf relativ kurze essentielle Wartungs- und Kalibrierungsarbeiten ununterbrochen im Einsatz.
Publications
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Encoding and transducing the synaptic or extrasynaptic origin of NMDA receptor signals to the nucleus. Cell. 152:1119-1133. (2013)
Karpova A, M Mikhaylova, S Bera, J Bär, PP Reddy, T Behnisch, V Rankovic, C Spilker, P Bethge, J Sahin, R Kaushik, W Zuschratter, T Kähne, M Naumann, ED Gundelfinger, MR Kreutz
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Differential effects of dopamine signalling on long-term memory formation and consolidation in rodent brain. Proteome Sci. 13:13. (2015)
Reichenbach N, U Herrmann, T Kähne, H Schicknick, R Pielot, M Naumann, DC Dieterich, ED Gundelfinger, KH Smalla, W Tischmeyer
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DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) permits vascular smooth muscle cell proliferation through phosphorylation of the orphan nuclear receptor NOR1. Cardiovasc Res. 106:488-497. (2015)
Medunjanin S, JM Daniel, S Weinert, J Dutzmann, F Burgbacher, S Brecht, D Bruemmer, T Kähne, M Naumann, DG Sedding, W Zuschratter, RC Braun-Dullaeus
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Role of calprotectin as a modulator of the IL-27-mediated pro-inflammatory effect on endothelial cells. Mediators Inflamm. 2015: ID 737310
Dorosz S, A Ginolhac, T Kähne, M Naumann, T Sauter, A Salsmann, JL Bueb
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Synapsin determines memory strength after punishment- and relief-learning. J Neurosci. 35:7487-7502. (2015)
Niewalda T, B Michels, R Jungnickel, S Diegelmann, J Kleber, T Kähne, B Gerber
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High resolution quantitative synaptic proteome profiling of mouse brain regions after auditory discrimination learning. J Vis Exp. 2016 Dec 15; (118)
Kolodziej A, KH Smalla, S Richter, A Engler, R Pielot, D Dieterich, W Tischmeyer, M Naumann, T Kähne
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Immunoproteasome induction is suppressed in hepatitis C virus-infected cells in a protein kinase R-dependent manner. Exp Mol Med. 48:e270. (2016)
Oh IS, K Textoris-Taube, PS Sung, W Kang, X Gorny, T Kähne, SH Hong, YJ Choi, C Cammann, M Naumann, JH Kim, SH Park, OJ Yoo, PM Kloetzel, U Seifert, EC Shin
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Molecular architecture of the DED chains at the DISC: Regulation of procaspase-8 activation by short DED proteins c-FLIP and procaspase-8 prodomain. Cell Death Differ. 23:681-694. (2016)
Schleich K, JH Buchbinder, S Pietkiewicz, T Kähne, U Warnken, S Öztürk, M Schnölzer, M Naumann, PH Krammer, IN Lavrik
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New insights into the mechanism of COP9 signalosome Cullin-RING Ubiquitin-Ligase pathway deregulation in urological cancers. Int Rev Cell Mol Biol. 323:181-229. (2016)
Gummlich L, T Kähne, M Naumann, E Kilic, K Jung, W Dubiel
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Proteome rearrangements after auditory learning: high-resolution profiling of synapseenriched protein fractions from mouse brain. J Neurochem. 138:124-138. (2016)
Kähne T, S Richter, A Kolodziej, KH Smalla, R Pielot, A Engler, FW Ohl, DC Dieterich, C Seidenbecher, W Tischmeyer, M Naumann, ED Gundelfinger
