Linkage between the distribution and biochemical properties of RuBisCO and CODH enzymes and abiotic properties in thermally and chemically distinct deep-sea hydrothermal vent systems

• Applicant: Professorin Dr. Mirjam Perner
• Subject Area: Microbial Ecology and Applied Microbiology
• Term: from 2012 to 2018
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 231865409

• Final Report Year: 2019

Final Report Abstract

Im Rahmen dieses Projekts wurde ein funktions-basierter Screen entwickelt und angewandt, um rekombinante RubisCO Enzyme aus metagenomischen Fosmidbanken zu isolieren. Es konnten sechs metagenomische Fosmidbanken aus verschiedenen hydrothermalen Habitaten des mittelatlantischen Rückens erstellt und durchsucht werden. Durch die sequenz- und funktions-basierte Durchmusterung dieser Metagenombanken wurden 48 RubisCO-aktive Fosmidklone identifiziert. Einige wurden detaillierter weiteruntersucht. Weiterhin wurde ein Klon mit einer sehr hohen RuBP-abbauenden Aktivität gefunden, der allerdings auf DNA Ebene keine Ähnlichkeiten zu bekannten RubisCO Enzymen aufweist.

Publications

• (2013) Functional metagenomics: Seeking CO2- reducing enzymes using newly established screening approaches. Vereinigung für Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie (VAAM), Bremen, Germany
  Böhnke, S. & Perner, M.
  
• A function-based screen for seeking RubisCO active clones from metagenomes: novel enzymes influencing RubisCO activity, The ISME Journal (2015), 9 (3): 735745
  Böhnke, S. & Perner, M.
  
• Unraveling RubisCO Form I and Form II Regulation in an Uncultured Organism from a Deep-Sea Hydrothermal Vent via Metagenomic and Mutagenesis Studies, Frontiers in Microbiology (2017), 8: 1303
  Böhnke, S. & Perner, M.
  
• (2018) Metagenomic and mutagenesis studies uncover novel features for regulating RubisCO expression in an uncultured deep-sea vent bacterium, VAAM, Marburg
  Böhnke, S. & Perner, M.
  
• (2018) Seeking novel RubisCOs from the environment, 3-Cluster Conference, Berlin, Germany
  Böhnke, S. & Perner, M.