HPLC-gekoppeltes Elektrospray-Tandemmassenspektrometer
Final Report Abstract
Das bewilligte nanoHPLC-gekoppelte Tandemmassenspektrometer wurde im November 2014 am Rudolf-Virchow-Zentrum der Universität Würzburg in Betrieb genommen. In den ersten 3 Jahren wurde ein wesentlicher Teil der Messzeit für Analysen im Rahmen eines Zentral-Projekts in der klinischen Forschergruppe 216 („Characterization of the Oncogenic Signaling Network in Multiple Myeloma: Development of Targeted Therapies“) genutzt. In Zusammenarbeit mit verschiedenen Teilprojekten wurden u.a. Interaktom-Analysen und Phosphoproteom-Analysen durchgeführt. Des Weiteren wurden für eine Reihe von potentiellen Anti-Myelom-Wirkstoffen zelluläre Targets identifiziert. Darüber hinaus wurde das Gerät in zahlreichen Kooperationsprojekten insbesondere für die Identifizierung von Protein-Interaktionspartners, für die Analyse posttranslationaler Modifikationen (z.B. Phosphorylierung und Acetylierung) sowie für die Analyse von Neuropeptiden und HLA-Peptiden eingesetzt. U.a. wurde dieses Gerät für eine umfassende Interaktom-Analyse des Mediator-Komplexes aus Hefe eingesetzt. In dieser Arbeit konnten wir mittels quantitativer Massenspektrometrie die bislang größte Anzahl spezifischer Interaktionspartner dieses Proteinkomplexes, der eine zentrale Rolle bei der Transkriptionsregulation spielt, identifizieren. Auch zur Aufklärung der zellulären Funktion des Protein ZFAND1 haben Interaktom-Analysen, die mit Hilfe des Gerätes durchgeführt wurden einen wesentlichen Beitrag geleistet. Neben dieses und zahlreichen weiteren Kooperationsprojekten wurde das Gerät auch für die Entwicklung neuer massenspektrometrischer Methoden genutzt. So haben wir z.B. eine neuartige Methode zur Quantifizierung des Acetylierungsgrades entwickelt und in unterschiedlichen Kooperationsprojekten zur funktionalen Analyse der Histon-Acetylierung eingesetzt.
Publications
- (2015) Fragment Ion Patchwork Quantification for Measuring Site-Specific Acetylation Degrees. Anal Chem 87:9939–9945
ElBashir R, Vanselow JT, Kraus A, Janzen CJ, Siegel NT, Schlosser A
(See online at https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5b02517) - (2015) Serine 220 phosphorylation of the Merkel cell polyomavirus large T antigen crucially supports growth of Merkel cell carcinoma cells. Int J Cancer
Schrama D, Hesbacher S, Angermeyer S, Schlosser A, Haferkamp S, Aue A, Adam C, Weber A, Schmidt M, Houben R
(See online at https://doi.org/10.1002/ijc.29862) - (2016) Identification of Targets and Interaction Partners of Arginyl-tRNA Protein Transferase in the Moss Physcomitrella patens. Mol Cell Proteomics 15:1808-22
Hoernstein SN, Mueller SJ, Fiedler K, Schuelke M, Vanselow JT, Schuessele C, Lang D, Nitschke R, Igloi GL, Schlosser A, Reski R
(See online at https://doi.org/10.1074/mcp.M115.057190) - (2016) Inhibition of KDM6 activity during murine ES cell differentiation induces DNA damage. J Cell Sci 129:788-803
Hofstetter C, Kampka JM, Huppertz S, Weber H, Schlosser A, Mueller AM, Becker M
(See online at https://dx.doi.org/10.1242/jcs.175174) - (2017) Impaired spliceosomal UsnRNP assembly leads to Sm mRNA down-regulation and Sm protein degradation. J Cell Biol. 216:2391-2407
Prusty, AB; Meduri, R; Prusty, BK; Vanselow, J; Schlosser, A; Fischer, U
(See online at https://doi.org/10.1083/jcb.201611108) - (2017) The MYC mRNA 3'-UTR couples RNA polymerase II function to glutamine and ribonucleotide levels. EMBO J. 36:1854-1868
Dejure FR, Royla N, Herold S, Kalb J, Walz S, Ade CP, Mastrobuoni G, Vanselow JT, Schlosser A, Wolf E, Kempa S, Eilers M
(See online at https://doi.org/10.15252/embj.201796662) - (2017) Ugi Reaction-Derived α-Acyl Aminocarboxamides Bind to Phosphatidylinositol 3-Kinase-Related Kinases, Inhibit HSF1-Dependent Heat Shock Response, and Induce Apoptosis in Multiple Myeloma Cells. J Med Chem 60:4147-4160
Bach M, Lehmann A, Brünnert D, Vanselow JT, Hartung A, Bargou RC, Holzgrabe U, Schlosser A, Chatterjee M
(See online at https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6b01613) - Proteomic Analysis of the Mediator Complex Interactome in Saccharomyces cerevisiae. (2017) Sci Rep. 7:43584
Uthe H, Vanselow JT, Schlosser A
(See online at https://doi.org/10.1038/srep43584) - (2018) Linking site-specific loss of histone acetylation to repression of gene expression by the mycotoxin ochratoxin A. Arch. Toxicol. 92:995–1014
Limbeck E, Vanselow JT, Hofmann J, Schlosser A, and Mally A
(See online at https://doi.org/10.1007/s00204-017-2107-6) - (2018). ZFAND1 recruits p97 and the 26S proteasome to promote the clearance of arsenite-induced stress granules. Mol Cell 70:906-919
Turakhiya A, Meyer SR, Marincola G, Böhm S, Vanselow JT, Schlosser A, Hofmann K and Buchberger A
(See online at https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.04.021)
