Hochdurchsatz-Verfahren zur Identifizierung konservierter mRNA-Strukturen (B14)

• Fachliche Zuordnung: Biochemie
• Förderung: Förderung von 2015 bis 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 161793742

Posttranskriptionelle Genregulation ist essentiell für die zelluläre Anpassung an veränderte Umweltbedingungen. Die Kontrolle auf mRNA-Ebene wird hauptsächlich durch cis-Elemente vermittelt, welche in UTRs kodiert sind. Diese werden durch trans-agierende Faktoren in Abhängigkeit von ihrer Sequenz und/oder ihrer 3-dimensionalen Struktur erkannt. Ähnlich der Konservierung der Sequenz eines UTRs, spiegelt die evolutionäre Konservierung einer RNA-Struktur somit ihre funktionale Bedeutung wider. Wir werden diese Strukturkonservierung nutzen, um bisher unbekannte cis- Elemente zu identifizieren und einen Hochdurchsatz-Screen für die parallele Analyse von Tausenden von konservierten 3’UTR-Strukturen in verschiedenen Zelltypen und unter verschiedenen Stressbedingungen etablieren. Die Bedeutung von trans-agierenden Faktoren, von denen bekannt ist, dass sie mRNA-Strukturen erkennen, wird global für alle funktionellen Motive getestet und die besten Kandidaten im Detail charakterisiert.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 902: Molekulare Mechanismen der RNA-basierten Regulation
• Antragstellende Institution: Goethe-Universität Frankfurt am Main
• Mitantragstellende Institution: Technische Universität Darmstadt
• Teilprojektleiterin: Professorin Dr. Julia Erika Weigand