Hochauflösendes Elektrosprayionisierungs-Hybrid-Tandem-Massenspektrometer

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2015
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 278834748

• Final Report Year: 2019

Final Report Abstract

Das UPLC-QExactive System (QE) wurde hauptsächlich zur Bearbeitung von Proteom-Projekten eingesetzt. Von Beginn an wurde das System in die Standardprozeduren der Core Facility für Massenspektrometrie und Proteomics eingebunden, wodurch ein 24 Stunden/Tag, 7 Tage/Woche Betrieb ermöglicht wurde. Proteomanalysen mit den etablierten Methoden der Core Facility konnten sofort mit Inbetriebnahme des Systems gestartet werden. In den ersten zwei Jahren wurden Proteom- und Phosphoproteomanalysen für mehr als 60 Gruppen des Heidelberg Campus durchgeführt. Soweit dies die technischen Leistungen wie proteolytischer Verdau oder Datenaufnahme betraf, wurden die Analysen im Rahmen der Serviceaufgaben der Core Facility durchgeführt. Bei komplexeren Interpretationen unterstützten die Wissenschaftler der Core Facility die Forschungsgruppen wie zum Beispiel bei umfangreichen Tumorstudien, der detaillierten Analyse der Polysomen von Trypanosomen oder der genauen Charakterisierung von WDR8. Darüber hinaus wurden Projekte aus den Bereichen „posttranslationaler Modifikationen“ und „Quantifizierung“ als wissenschaftliche Kollaborationen durchgeführt. Neben Phosphoproteom-Analysen mit der Schiebel Gruppe (ZMBH) wurden mit der Strahl Gruppe (COS) Analysen zur O-Mannosylierung durchgeführt und mit der Grummt Gruppe DKFZ) Analysen zur Acetylierung von Proteinen. Weiterhin wurden Methoden zur Analyse des Redoxstatus von Zellen verbessert, um die Funktionsweise von Peroxiredoxinen (Kollaboration mit der Dick Gruppe (DKFZ)) oder Beitrag von S-Glutathionylierung bzw. S-Trypano-thionylierung zu untersuchen.

Publications

• WDR8 is a centriolar satellite and centriole-associated protein that promotes ciliary vesicle docking during ciliogenesis. Journal of Cell Science, 129(3), 621-636.
  Kurtulmus, Bahtiyar; Wang, Wenbo; Ruppert, Thomas; Neuner, Annett; Cerikan, Berati; Viol, Linda; Dueñas-Sánchez, Rafael; Gruss, Oliver J. & Pereira, Gislene
  
• A role for 2-Cys peroxiredoxins in facilitating cytosolic protein thiol oxidation. Nature Chemical Biology, 14(2), 148-155.
  Stöcker, Sarah; Maurer, Michael; Ruppert, Thomas & Dick, Tobias P.
  
• Expression of the novel maternal centrosome assembly factor Wdr8 is required for vertebrate embryonic mitoses. Nature Communications, 8(1).
  Inoue, Daigo; Stemmer, Manuel; Thumberger, Thomas; Ruppert, Thomas; Bärenz, Felix; Wittbrodt, Joachim & Gruss, Oliver J.
  
• Human phosphatase CDC14A regulates actin organization through dephosphorylation of epithelial protein lost in neoplasm. Proceedings of the National Academy of Sciences, 114(20), 5201-5206.
  Chen, Nan-Peng; Uddin, Borhan; Hardt, Robert; Ding, Wen; Panic, Marko; Lucibello, Ilaria; Kammerer, Patricia; Ruppert, Thomas & Schiebel, Elmar
  
• Stress-Induced Protein S -Glutathionylation and S -Trypanothionylation in African Trypanosomes—A Quantitative Redox Proteome and Thiol Analysis. Antioxidants & Redox Signaling, 27(9), 517-533.
  Ulrich, Kathrin; Finkenzeller, Caroline; Merker, Sabine; Rojas, Federico; Matthews, Keith; Ruppert, Thomas & Krauth-Siegel, R. Luise
  
• Temporal and compartment-specific signals coordinate mitotic exit with spindle position. Nature Communications, 8(1).
  Caydasi, Ayse Koca; Khmelinskii, Anton; Duenas-Sanchez, Rafael; Kurtulmus, Bahtiyar; Knop, Michael & Pereira, Gislene
  
• The role of the zinc finger protein ZC3H32 in bloodstream-form Trypanosoma brucei. PLOS ONE, 12(5), e0177901.
  Klein, Cornelia; Terrao, Monica & Clayton, Christine
  
• SIRT7-Dependent Deacetylation of Fibrillarin Controls Histone H2A Methylation and rRNA Synthesis during the Cell Cycle. Cell Reports, 25(11), 2946-2954.e5.
  Iyer-Bierhoff, Aishwarya; Krogh, Nicolai; Tessarz, Peter; Ruppert, Thomas; Nielsen, Henrik & Grummt, Ingrid
  
• The human phosphatase CDC 14A modulates primary cilium length by regulating centrosomal actin nucleation. EMBO reports, 20(1).
  Uddin, Borhan; Partscht, Patrick; Chen, Nan‐Peng; Neuner, Annett; Weiß, Manuel; Hardt, Robert; Jafarpour, Aliakbar; Heßling, Bernd; Ruppert, Thomas; Lorenz, Holger; Pereira, Gislene & Schiebel, Elmar
  
• YAP-dependent induction of UHMK1 supports nuclear enrichment of the oncogene MYBL2 and proliferation in liver cancer cells. Oncogene, 38(27), 5541-5550.
  Wei, Teng; Weiler, Sofia Maria Elisabeth; Tóth, Marcell; Sticht, Carsten; Lutz, Teresa; Thomann, Stefan; De La Torre, Carolina; Straub, Beate; Merker, Sabine; Ruppert, Thomas; Marquardt, Jens; Singer, Stephan; Gretz, Norbert; Schirmacher, Peter & Breuhahn, Kai