Annotation und funktionale Genomik der Gene des Substrat-Katabolismus bei Clostridium beijerinckii

• Applicant: Dr. Wolfgang H. Schwarz
• Subject Area: Metabolism, Biochemistry and Genetics of Microorganisms
• Term: from 2006 to 2008
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 29673309

Im Rahmen einer internationalen Kooperation soll in diesem Genomik-Projekt die Genomsequenz des lösungsmittel-produzierenden Bakteriums Clostridium beijerinckii annotiert werden, und zwar die Leserahmen, die für die Substrat-Verwertung, nämlich den hydrolytischen Poly- und Oligosaccharid-Abbau kodieren. Ziel ist die funktionale Analyse der Substrat- Abbauwege von pflanzlichen Polymeren wie Cellulose, Hemicellulose und Stärke in Bezug auf die Verwendung von Clostridium beijerinckii für die Produktion der Lösungsmittel Butanol und Aceton aus nachwachsenden Rohstoffen. Die Genom-Annotation wird verifiziert durch einen proteomischen Ansatz, in dem das Subproteom des Kulturüberstandes analysiert wird. Extrazelluläre hydrolytische Enzymkomponenten werden durch MALDI-TOF identifiziert. Die extrazellulären enzymatischen Aktivitäten werden bestimmt und mit den identifizierten Leserahmen und deren vermutlicher Aktivität in Beziehung gesetzt. Die substrat-abhängige Expression der extrazellulären Hydrolasen wird auf Proteinebene analysiert. Die Ergebnisse sollen zusammen mit den Kooperationspartnern zur Veröffentlichung vorbereitet werden.

• DFG Programme: Research Grants