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Projekt
Untersuchung der molekularen Interaktionen und Mechanismen der RNA Helikase DDX6 bei der posttranskriptionalen Regulation
Antragsteller
Professor Dr. Markus Landthaler; Professor Dr. Nikolaus Rajewsky
Fachliche Zuordnung
Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
Bioinformatik und Theoretische Biologie
Zellbiologie
Bioinformatik und Theoretische Biologie
Zellbiologie
Förderung
Förderung von 2016 bis 2020
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 313604468
Das Schicksal eines protein-kodierenden Transkripts spielt eine zentrale Rolle bei der Regulation der Genexpression und wird durch die Stabilität, Lokalisation und Translation einer mRNA beeinflusst. In diesen Projekt beabsichtigen wir die RNA Helikase DDX6 und ihre Rolle in der postranskriptionalen Regulation zu untersuchen. Es ist bekannt, dass DDX6 in der mRNA Lokalisation und Lagerung in verschiedenen Protein-mRNAs Granules, der Rekrutierung von mRNA Abbau Enzymen und der Repression der Translation durch mikroRNAs involviert ist. Trotz seiner wichtigen regulatorischen Rolle sind die Ziel-RNA Spezifität und die detailierte molekularen Funktionweisen weitgehend unbekannt.Wir adressieren drei wichtige Fragen, die zwar unabhängig voneinander sind, aber zu einer systemweiten Beschreibung der Spezifität von und Regulation durch DDX6 am Beispiel von humanen HEK 293 Zellen führen. Wir werden das mRNA Interaktom von DDX6 und seinen mutanten Varianten mittels PAR-CLIP in Kombination mit Hochdurchsatzsequenzierung bestimmen, um die DDX6 gebundenen Transkripte und die genauen RNA-Bindungstellen zu identifizieren. Wir werden Proteininteraktionspartner von DDX6 durch Biotinylierung und Massenspekrometrie bestimmen. Um den globalen Einfluss der DDX6 Aktivität zu charakterisieren, werden wir die Helikase depletieren und Veränderungen in mRNA Halbwertszeiten und Ribosomenbelegung messen. Diese drei Ansätze liefern einen Überblick, welche Veränderungen der Zieltranskripte in Hinblick auf mRNA Stabilität und Translation auftreten.Keiner dieser genannten Untersuchungen wurde bisher in einer umfassenden, systemweiten Art und Weise an DDX6 durchgeführt und deren Kombination wird zu einem Informationsgewinn über die Funktion und molekularen Ziele von DDX6 führen. Unsere Studie wird wichtige Einblicke geben in die Rolle eines Schlüsselfaktors bei der Regulation der Genexpression.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
