Varianzkomponentenbasierte Verfahren zur simultanen Kartierung gekoppelter QTL mit epistatischen Effekten und linienspezifischen Markern

• Applicant: Privatdozent Dr. Manfred Mayer
• Subject Area: Animal Breeding, Animal Nutrition, Animal Husbandry
• Term: from 2007 to 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 35530980

Die multiple Intervallkartierung (multiple interval mapping) ist die Referenzmethode bei der Kartierung multipler QTL in experimentellen F2- oder Rückkreuzungspopulationen. Theoretische Ableitungen und Simulationsstudien haben gezeigt, dass rechentechnisch weniger aufwendige Methoden, wie z.B. regression interval mapping, insbesondere bei gekoppelten QTL und bei QTL in Repulsion problematisch in Bezug auf die Trennschärfe und die Genauigkeit der Schätzung von QTL-Parametern sein können. In der Humangenetik sowie bei Daten von Outcrosspopulationen in der Tierzucht sind varianzkomponentenbasierte Methoden relativ weit verbreitet und stellen einen sehr flexiblen und mächtigen methodischen Ansatz dar. In dem vorliegenden Forschungsantrag sollen daher die methodischen Voraussetzungen zur Anwendung varianzkomponentenbasierter Methoden für die QTL-Analyse bei linienspezifischen Markern in den Ausgangspopulationen erarbeitet werden. Dabei soll ein Schwerpunkt auch auf die Berücksichtigung nichtadditiver Geneffekte (Dominanz, vor allem aber auch Epistasie) gelegt werden. Die Problematik des eventuellen Vorhandenseins nichtfixierter und möglicherweise multipler QTL-Allele in den Ausgangspopulationen soll durch die Entwicklung eines methodischen Instrumentariums für Founder-QTL-Modelle angegangen werden. Die Eigenschaften des entwickelten Instrumentariums werden ergänzend durch Simulationsuntersuchungen geprüft und verglichen.

• DFG Programme: Research Grants