TRR 235: Lebensentstehung: Erkundung von Mechanismen mit interdisziplinären Experimenten
Biologie
Chemie
Geowissenschaften
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Der Ursprung des Lebens ist eine der ältesten wissenschaftlichen und philosophischen Fragen der Menschheit. Heute gibt es Leben im Überfluss - aber das war auf der frühen Erde nicht der Fall. Welche Prozesse haben das Leben hervorgebracht? Welche Bedingungen herrschten auf der frühen Erde? Welche Substanzen können als Vorläufer für lebende Systeme auf der Erde und anderen Planeten dienen? Wie entstanden die ersten Gene? Wie konnte sich die darwinsche Evolution entwickeln? Wie sah der erste Stoffwechsel aus? Der CRC/TRR 235 nutzte Bottom-up-Laborexperimente, die traditionell getrennte Disziplinen - Astrophysik, Biochemie, Biophysik, Chemie, Geowissenschaften und -theorie - miteinander verbanden. Diese Zusammenarbeit führte zu unerwarteten Ergebnissen. Frisch gebildete hydrothermale Schlote, feste Ausflussstrukturen aus geologischen Fluiden, wurden in Laborexperimenten nachgebildet und es konnte gezeigt werden, daß sie RNA, das erste Molekül des Lebens, anreichern. Phosphat, ein wesentlicher Bestandteil der RNA, konnte aus eruptiven Gesteinen unter dem pH-Gradienten eines thermischen Gradienten ausgelaugt und angereichert werden, was zuvor als unmöglich galt. Es wurde festgestellt, dass Organokatalysatoren, d.h. organische Moleküle, die als Katalysatoren wirken, ihre eigene Polymerisation selbst steuern und damit chemisch evolvieren. Komplexe hydrothermale Stoffwechselreaktionen konnten mit hochauflösender Massenspektrometrie verfolgt werden. Das Kopieren von RNA mit in situ-Aktivierung wurde experimentell untersucht und mit der Theorie in Einklang gebracht. Erhitztes Wasser an der Grenzfläche zu CO2 selektierte Nukleinsäuren nach ihrer Länge. Dies führte zu einem Replikations-Selektionszyklus, der eine schnelle Sequenzevolution auslöste. Es konnte gezeigt werden, daß sich Ribozyme in der gleichen Umgebung aus kurzen RNA-Strängen zusammensetzen, ein Modell für die Struktur des Ribosoms, des Ausgangsmoleküls des genetischen Codes. Aminosäure-RNA-Wechselwirkungen, die für die Definition des genetischen Codes wichtig sind, wurden durch Sequenzierung gefunden. Protozellen wurden durch Einfrier- und Auftauzyklen geteilt, wodurch die Replikation mit der Zellteilung gekoppelt wurde. Koazervate, die durch die gleiche chemische Reaktion erzeugt werden, welche Nukleotide zu RNA verbinden, konnten Moleküle anhand ihrer lokalen physikalischen Eigenschaften selektieren. Schließlich organisierte das Konsortium gemeinsam mit dem Deutschen Museum die Ausstellung "Einfach, komplex, lebendig". Wir haben die interdisziplinären Grenzen des Gebietes stark erweitert. Wir haben experimentelle Strategien entwickelt, um die Entstehung des Lebens im Labor nachzuvollziehen. Wir sehen jetzt viel klarer, wie Nicht-Gleichgewichtsprozesse auf der frühen Erde das mächtige Prinzip der Darwinschen Evolution auf molekularer Ebene ausgelöst haben könnten. Das Thema wird von den Arbeitsgruppen im Rahmen verschiedener zukünftiger Förderprogramme weiterverfolgt werden.
Link zum Abschlussbericht
https://oa.tib.eu/renate/handle/123456789/17481
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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Continuous nonenzymatic cross-replication of DNA strands with in situ activated DNA oligonucleotides. Chemical Science, 10(22), 5807-5814.
Edeleva, Evgeniia; Salditt, Annalena; Stamp, Julian; Schwintek, Philipp; Boekhoven, Job & Braun, Dieter
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Cooperative Ligation Breaks Sequence Symmetry and Stabilizes Early Molecular Replication. Physical Review X, 9(1).
Toyabe, Shoichi & Braun, Dieter
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Direct Prebiotic Pathway to DNA Nucleosides. Angewandte Chemie International Edition, 58(29), 9944-9947.
Teichert, Jennifer S.; Kruse, Florian M. & Trapp, Oliver
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Dissipative Self‐Assembly of Peptides. Israel Journal of Chemistry, 59(10), 898-905.
Tena‐Solsona, Marta & Boekhoven, Job
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Electrification of Experimental Volcanic Jets with Varying Water Content and Temperature. Geophysical Research Letters, 46(20), 11136-11145.
Stern, S.; Cimarelli, C.; Gaudin, D.; Scheu, B. & Dingwell, D.B.
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Enzyme-free ligation of dimers and trimers to RNA primers. Nucleic Acids Research, 47(8), 3836-3845.
Sosson, Marilyne; Pfeffer, Daniel & Richert, Clemens
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Fission of Lipid-Vesicles by Membrane Phase Transitions in Thermal Convection. Scientific Reports, 9(1).
Kudella, Patrick W.; Preißinger, Katharina; Morasch, Matthias; Dirscherl, Christina F.; Braun, Dieter; Wixforth, Achim & Westerhausen, Christoph
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Genetically Encoded Membranes for Bottom‐Up Biology. ChemSystemsChem, 1(4).
Vogele, Kilian; Pirzer, Tobias & Simmel, Friedrich C.
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Heated gas bubbles enrich, crystallize, dry, phosphorylate and encapsulate prebiotic molecules. Nature Chemistry, 11(9), 779-788.
Morasch, Matthias; Liu, Jonathan; Dirscherl, Christina F.; Ianeselli, Alan; Kühnlein, Alexandra; Le Vay, Kristian; Schwintek, Philipp; Islam, Saidul; Corpinot, Mérina K.; Scheu, Bettina; Dingwell, Donald B.; Schwille, Petra; Mutschler, Hannes; Powner, Matthew W.; Mast, Christof B. & Braun, Dieter
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Pathway Dependence in the Fuel-Driven Dissipative Self-Assembly of Nanoparticles. Journal of the American Chemical Society, 141(25), 9872-9878.
Grötsch, Raphael K.; Wanzke, Caren; Speckbacher, Maximilian; Angı, Arzu; Rieger, Bernhard & Boekhoven, Job
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Active coacervate droplets as a model for membraneless organelles and protocells. Nature Communications, 11(1).
Donau, Carsten; Späth, Fabian; Sosson, Marilyne; Kriebisch, Brigitte A. K.; Schnitter, Fabian; Tena-Solsona, Marta; Kang, Hyun-Seo; Salibi, Elia; Sattler, Michael; Mutschler, Hannes & Boekhoven, Job
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Physiological limits to life in anoxic subseafloor sediment. FEMS Microbiology Reviews, 44(2), 219-231.
Orsi, William D.; Schink, Bernhard; Buckel, Wolfgang & Martin, William F.
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Prebiotically Plausible RNA Activation Compatible with Ribozyme‐Catalyzed Ligation. Angewandte Chemie International Edition, 60(6), 2952-2957.
Song, Emilie Yeonwha; Jiménez, Eddy Ivanhoe; Lin, Huacan; Le Vay, Kristian; Krishnamurthy, Ramanarayanan & Mutschler, Hannes
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The Enzyme‐Free Release of Nucleotides from Phosphoramidates Depends Strongly on the Amino Acid. Angewandte Chemie International Edition, 59(45), 20154-20160.
Jovanovic, Dejana; Tremmel, Peter; Pallan, Pradeep S.; Egli, Martin & Richert, Clemens
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The Future of Origin of Life Research: Bridging Decades-Old Divisions. Life, 10(3), 20.
Preiner, Martina; Asche, Silke; Becker, Sidney; Betts, Holly C.; Boniface, Adrien; Camprubi, Eloi; Chandru, Kuhan; Erastova, Valentina; Garg, Sriram G.; Khawaja, Nozair; Kostyrka, Gladys; Machné, Rainer; Moggioli, Giacomo; Muchowska, Kamila B.; Neukirchen, Sinje; Peter, Benedikt; Pichlhöfer, Edith; Radványi, Ádám; Rossetto, Daniele ... & Xavier, Joana C.
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Thermal Habitat for RNA Amplification and Accumulation. Physical Review Letters, 125(4).
Salditt, Annalena; Keil, Lorenz M. R.; Horning, David P.; Mast, Christof B.; Joyce, Gerald F. & Braun, Dieter
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Acid‐Catalyzed RNA‐Oligomerization from 3’,5’‐cGMP. Chemistry – A European Journal, 27(70), 17581-17585.
Wunnava, Sreekar; Dirscherl, Christina F.; Výravský, Jakub; Kovařík, Aleš; Matyášek, Roman; Šponer, Jiří; Braun, Dieter & Šponer, Judit E.
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Dynamic Exchange of Substituents in a Prebiotic Organocatalyst: Initial Steps towards an Evolutionary System. Angewandte Chemie International Edition, 61(3).
Closs, Anna C.; Bechtel, Maximilian & Trapp, Oliver
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Enhanced Ribozyme‐Catalyzed Recombination and Oligonucleotide Assembly in Peptide‐RNA Condensates. Angewandte Chemie International Edition, 60(50), 26096-26104.
Le, Vay Kristian; Song, Emilie Yeonwha; Ghosh, Basusree; Tang, T.‐Y. Dora & Mutschler, Hannes
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Exploring the link between molecular cloud ices and chondritic organic matter in laboratory. Nature Communications, 12(1).
Danger, G.; Vinogradoff, V.; Matzka, M.; Viennet, J.-C.; Remusat, L.; Bernard, S.; Ruf, A.; Le Sergeant d.’Hendecourt, L. & Schmitt-Kopplin, P.
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Heat flows in rock cracks naturally optimize salt compositions for ribozymes. Nature Chemistry, 13(11), 1038-1045.
Matreux, T.; Le Vay, K.; Schmid, A.; Aikkila, P.; Belohlavek, L.; Çalışkanoğlu, A. Z.; Salibi, E.; Kühnlein, A.; Springsklee, C.; Scheu, B.; Dingwell, D. B.; Braun, D.; Mutschler, H. & Mast, C. B.
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High CO2 levels drive the TCA cycle backwards towards autotrophy. Nature, 592(7856), 784-788.
Steffens, Lydia; Pettinato, Eugenio; Steiner, Thomas M.; Mall, Achim; König, Simone; Eisenreich, Wolfgang & Berg, Ivan A.
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Non-equilibrium conditions inside rock pores drive fission, maintenance and selection of coacervate protocells. Nature Chemistry, 14(1), 32-39.
Ianeselli, Alan; Tetiker, Damla; Stein, Julian; Kühnlein, Alexandra; Mast, Christof B.; Braun, Dieter & Dora, Tang T.-Y.
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Nonenzymatic, Template‐Free Polymerization of 3’,5’ Cyclic Guanosine Monophosphate on Mineral Surfaces. ChemSystemsChem, 3(6).
Šponer, Judit E.; Šponer, Jiří; Výravský, Jakub; Šedo, Ondrej; Zdráhal, Zbyněk; Costanzo, Giovanna; Di Mauro, Ernesto; Wunnava, Sreekar; Braun, Dieter; Matyášek, Roman & Kovařík, Aleš
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Parasitic behavior in competing chemically fueled reaction cycles. Chemical Science, 12(21), 7554-7560.
Schwarz, Patrick S.; Laha, Sudarshana; Janssen, Jacqueline; Huss, Tabea; Boekhoven, Job & Weber, Christoph A.
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Self-Assembly of Informational Polymers by Templated Ligation. Physical Review X, 11(3).
Rosenberger, Joachim H.; Göppel, Tobias; Kudella, Patrick W.; Braun, Dieter; Gerland, Ulrich & Altaner, Bernhard
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Shallow-water hydrothermalism at Milos (Greece): Nature, distribution, heat fluxes and impact on ecosystems. Marine Geology, 438, 106521.
Puzenat, Valentine; Escartín, Javier; Martelat, Jean-Emmanuel; Barreyre, Thibaut; Le Moine Bauer, Sven; Nomikou, Paraskevi; Gracias, Nuno; Allemand, Pascal; Antoniou, Varvara; Coskun, Omer; Garcia, Rafael; Grandjean, Philippe; Jørgensen, Steffen Leth; Magí, Lluís; Mandalakis, Manolis; Orsi, William; Polymenakou, Paraskevi; Schouw, Anders; Vallicrosa, Guillem & Vlasopoulos, Othonas
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Single nucleotide translation without ribosomes. Nature Chemistry, 13(8), 751-757.
Jash, Biswarup; Tremmel, Peter; Jovanovic, Dejana & Richert, Clemens
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Structured sequences emerge from random pool when replicated by templated ligation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 118(8).
Kudella, Patrick W.; Tkachenko, Alexei V.; Salditt, Annalena; Maslov, Sergei & Braun, Dieter
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The Abiotic Formation of Pyrrole under Volcanic, Hydrothermal Conditions—An Initial Step towards Life’s First Breath?. Life, 11(9), 980.
Seitz, Christian; Eisenreich, Wolfgang & Huber, Claudia
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Emergence of Colloidal Patterns in ac Electric Fields. Physical Review Letters, 128(5).
Katzmeier, Florian; Altaner, Bernhard; List, Jonathan; Gerland, Ulrich & Simmel, Friedrich C.
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Enzyme‐Free Copying of 12 Bases of RNA with Dinucleotides. Angewandte Chemie International Edition, 61(29).
Leveau, Gabrielle; Pfeffer, Daniel; Altaner, Bernhard; Kervio, Eric; Welsch, Franziska; Gerland, Ulrich & Richert, Clemens
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Iron‐Mediated Peptide Formation in Water and Liquid Sulfur Dioxide under Prebiotically Plausible Conditions**. ChemSystemsChem, 5(2).
Sydow, Constanze; Sauer, Fabian; Siegle, Alexander F. & Trapp, Oliver
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RNA Oligomerisation without Added Catalyst from 2′,3′‐Cyclic Nucleotides by Drying at Air‐Water Interfaces**. ChemSystemsChem, 5(1).
Dass, Avinash Vicholous; Wunnava, Sreekar; Langlais, Juliette; von der Esch, Beatriz; Krusche, Maik; Ufer, Lennard; Chrisam, Nico; Dubini, Romeo C. A.; Gartner, Florian; Angerpointner, Severin; Dirscherl, Christina F.; Rovó, Petra; Mast, Christof B.; Šponer, Judit E.; Ochsenfeld, Christian; Frey, Erwin & Braun, Dieter
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Selection of prebiotic oligonucleotides by cyclic phaseseparation
Bartolucci, G., A. Calaça Serrão, P. Schwintek, A. Kühnlein, Y. Rana, P. Janto, D. Hofer, C.B.Mast, D. Braun & C.A. Weber
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The time complexity of self-assembly. Proceedings of the National Academy of Sciences, 119(4).
Gartner, Florian M.; Graf, Isabella R. & Frey, Erwin
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Water cycles in a Hadean CO2 atmosphere drive the evolution of long DNA. Nature Physics, 18(5), 579-585.
Ianeselli, Alan; Atienza, Miguel; Kudella, Patrick W.; Gerland, Ulrich; Mast, Christof B. & Braun, Dieter
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Complex carbonaceous matter in Tissint martian meteorites give insights into the diversity of organic geochemistry on Mars. Science Advances, 9(2).
Schmitt-Kopplin, Philippe; Matzka, Marco; Ruf, Alexander; Menez, Benedicte; Chennaoui, Aoudjehane Hasnaa; Harir, Mourad; Lucio, Marianna; Hertzog, Jasmine; Hertkorn, Norbert; Gougeon, Régis D.; Hoffmann, Victor; Hinman, Nancy W.; Ferrière, Ludovic; Greshake, Ansgar; Gabelica, Zelimir; Trif, László & Steele, Andrew
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gas-tight shock tube apparatus for laboratory volcanic lightning under varying atmospheric conditions. Volcanica, 6(2), 437-445.
Springsklee, Christina; Scheu, Bettina; Seifert, Christoph; Manga, Michael; Cimarelli, Corrado; Gaudin, Damian; Trapp, Oliver & Dingwell, Donald B.
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Influence of Silicate Rock Glass Compositions on the Efficacy of Prebiotic RNA Polymerization Reactions: The Case of 3’,5’ Cyclic Guanosine Monophosphate. ChemSystemsChem, 5(5).
Šponer, Judit E.; Kloužek, Jaroslav; Výravský, Jakub; Wunnava, Sreekar; Scheu, Bettina; Braun, Dieter; Mojzsis, Stephen J.; Palacký, Jan; Vorlíčková, Michaela; Šponer, Jiří; Matyášek, Roman & Kovařík, Aleš
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Microfluidic Quasi-2-Dimensional Alkaline Vent Model to Study Precipitation Morphology, Fluid Flows and Molecule Accumulation. Goldschmidt2023 abstracts. European Association of Geochemistry.
Weingart, Maximilian; Alim, Karen; Chen, Siyu; Donat, Clara; Helmbrecht, Vanessa; Orsi, William & Braun, Dieter
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Periodic temperature changes drive the proliferation of self-replicating RNAs in vesicle populations. Nature Communications, 14(1).
Salibi, Elia; Peter, Benedikt; Schwille, Petra & Mutschler, Hannes
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Physical non-equilibria for prebiotic nucleic acid chemistry. Nature Reviews Physics, 5(3), 185-195.
Ianeselli, Alan; Salditt, Annalena; Mast, Christof; Ercolano, Barbara; Kufner, Corinna L.; Scheu, Bettina & Braun, Dieter
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Reactive phosphorus via simulated lightning discharge: A role for fulgurites in pre-biotic chemistry. Chemical Geology, 620, 121343.
Çalışkanoğlu, A. Zeynep; Dingwell, Donald B.; Cimarelli, Corrado; Camara, Alessandra S.B.; Breitzke, Hergen; Buntkowsky, Gerd; Pasek, Matthew A.; Braun, Dieter; Scheu, Bettina & Molaverdikhani, Karan
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Ribozyme-mediated RNA synthesis and replication in a model Hadean microenvironment. Nature Communications, 14(1).
Salditt, Annalena; Karr, Leonie; Salibi, Elia; Le Vay, Kristian; Braun, Dieter & Mutschler, Hannes
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Sequence dependent UV damage of complete pools of oligonucleotides. Scientific Reports, 13(1).
Kufner, Corinna L.; Krebs, Stefan; Fischaleck, Marlis; Philippou-Massier, Julia; Blum, Helmut; Bucher, Dominik B.; Braun, Dieter; Zinth, Wolfgang & Mast, Christof B.
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Spatiotemporal Propagation of a Minimal Catalytic RNA Network in GUV Protocells by Temperature Cycling and Phase Separation. Angewandte Chemie International Edition, 62(17).
Peter, Benedikt; Levrier, Antoine & Schwille, Petra
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Synthesis of prebiotic organics from CO2 by catalysis with meteoritic and volcanic particles. Scientific Reports, 13(1).
Peters, Sophia; Semenov, Dmitry A.; Hochleitner, Rupert & Trapp, Oliver
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Triplet-Encoded Prebiotic RNA Aminoacylation. Journal of the American Chemical Society, 145(29), 15971-15980.
Su, Meng; Schmitt, Christian; Liu, Ziwei; Roberts, Samuel J.; Liu, Kim C.; Röder, Konstantin; Jäschke, Andres; Wales, David J. & Sutherland, John D.
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White and green rust chimneys accumulate RNA in a ferruginous chemical garden. Geobiology, 21(6), 758-769.
Helmbrecht, Vanessa; Weingart, Maximilian; Klein, Frieder; Braun, Dieter & Orsi, William D.
