Fiji Software Nachhaltigkeit

• Antragsteller: Dr. Florian Jug; Dr. Pavel Tomancak
• Fachliche Zuordnung: Bild- und Sprachverarbeitung, Computergraphik und Visualisierung, Human Computer Interaction, Ubiquitous und Wearable Computing ; Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Entwicklungsbiologie
• Förderung: Förderung von 2018 bis 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 391170321

Das Ziel dieses Projekts (FiSS) ist es, Fiji, eine sehr verbreitete open source Plattform für die wissenschaftliche Bildanalyse biologischer Daten, auf ein neues Reifelevel zu heben. Dies wird den Weg zur autonomen Tragfähigkeit dieser Software ebnen. Dieses Projekt wird ermöglicht durch die große Zahl existierender Benutzer sowie durch die geleistete Basisarbeit und die existierende Infrastruktur welche in den letzten 10 Jahren von der Fiji open source Gemeinde geleistet wurde.Konkret schlagen wir drei Arbeitspakete (AP) vor, welche zum Ziel haben, das Fiji Software Ökosystem für Entwickler sowie für Benutzer wesentlich zu verbessern. 1.Im AP1 werden wir die existierende Infrastruktur zur Softwareentwicklung (IzS) verbessern, sowie neue und dringend benötigete state-of-the-art IzS bereitstellen. Dies wird dabei helfen Entwicklungen zu vereinfachen und Fehler zu reduzieren.2.Im AP2 werden wir neue Möglichkeiten zur Multidimensionalen Datenvisualisierung und Verarbeitung großer Daten schaffen, um dadurch bekannt Benutzungshürden abzubauen. Dies wird dazu führen, dass Benutzer zukünftig den Herausforderungen moderner Bildanalyse gewachsen sind.3.AP3 hat zum Ziel, die Qualität des Fiji Erlebnisses zu verbessern. Dazu werden wir Fortbildungsmaterial, Dokumentation, Problemlösungen und andere Dienste anbieten. Zusammen mit AP1 und AP2 wird dies zu einer noch stabileren, besser unterstützten, und einsetzbareren Lösung führen.Wir glauben, dass 1) diese Maßnahmen in Anbetracht der Größe der Fiji Gemeinde sowie der Analyseprobleme welche es zu lösen gilt sowohl angemessen als auch notwendig sind, 2) dass zwei Personen für diese Aufgabe ausreichend sind, 3) dass die vorgeschlagenen Tätigkeiten die nötigen Schritte sind um ein Modell zur langfristigen Nachhaltigkeit von Fiji zu finden. Wir diskutieren verschiedene Szenarien bezüglich möglicher Finanzierungsmodelle für Fiji. Wichtiger Teil hiervon ist die Verankerung von Fiji in die lang erprobte Service- und Facility-Landschaft des MPI-CBG.Fiji ist ein weltweit verbreitetes Software-Ökosystem und kann daher auf ideale Weise als Modell für Software Infrastrukturprojekte dienen, die sich den Herausforderungen der Nachhaltigkeit stellen müssen. Lösungen für Fiji könnten in der Zukunft als Beispiel für andere Projekte herangezogen werden und so ein positives Signal der Machbarkeit aussenden.

• DFG-Verfahren: Forschungsdaten und Software (Wiss. Literaturversorgung und Informationssysteme)