NGS - Hochdurchsatz-Sequenziergerät in Kombination mit einem Gerät zur Einzelzellaufarbeitung

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2018
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 398813235

Im Rahmen der Stärkung der naturwissenschaftlichen und grundlagenorientierten Forschung der Medizinischen Fakultät Mannheim sind aktuell bedeutende infrastrukturelle Maßnahmen geplant, dazu zählt unter anderem der Ausbau von Core Facilities. Außerdem werden durch eine Reihe neuer Professoren verstärkt grundlagenwissenschaftliche Themen der Zell- und Molekularbiologie an der Medizinischen Fakultät Mannheim bearbeitet. Dabei richtet sich das zunehmende Interesse auf die Einzelzellanalytik und damit auf die Nutzung von Techniken, die in zwei Schritten die Einzelzellverarbeitung/Library-Erstellung und die massiv parallele Sequenzierung/quantitative Genexpressionsanalyse verbinden. Entsprechend beantragen wir zur Deckung dieses Bedarfs für die zentrale NGS Core Facility der Fakultät eine Gerätekombination bestehend aus einer Einzelzellanalyseplattform und angeschlossener Next-Generation-Sequencing. Circa 10 Arbeitsgruppen planen umfangreiche Experimente, deren Durchführung teilweise Single Cell Anwendungen benötigen, aber in allen Fällen ein Hochdurchsatz-Sequenziergerät der aktuellen Leistungsklasse. Die Systeme werden für die Untersuchung von Immunrezeptoren auf Einzelzellebene, die Charakterisierung tumor-assoziierter Makrophagen, die Durchführung klinisch-translationaler Studien zur Nutzbarkeit molekularer Biomarker, der funktionellen Charakterisierung zirkulierender Nukleinsäuren, zur Analyse des Einflusses des Virulenzfaktors TcpC des uropathogenen E.coli Stamms CFT073 auf das Transkriptom von Zellen des innaten Immunsytems, der Analyse der Diversität des Darmmikrobioms bei Patienten nach Knochenmarktransplantation sowie seiner Relevanz für septische Komplikationen, Transkriptomanalyse zur Charakterisierung der NK-Zelldiversität bei Leberschaden, Identifikation möglicher Alzheimer-Früherkennungsmarker, Charakterisierung relevanter Gene bei Thrombozytopathien, des ribosomalen Footprintings sowie der Kinetik des mRNA-Abbaus auf Einzelzellebene.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Major Instrumentation: NGS - Hochdurchsatz-Sequenziergerät in Kombination mit einem Gerät zur Einzelzellaufarbeitung
• Instrumentation Group: 3150 DNA-Sequenzer
• Applicant Institution: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg; Medizinische Fakultät Mannheim
• Leader: Professor Dr. Michael Neumaier