Pan-Genome Structures: Design, Construction, and Applications

• Antragsteller: Professor Dr. Enno Ohlebusch
• Fachliche Zuordnung: Theoretische Informatik
• Förderung: Förderung seit 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 403845331

Aufgrund der enormen Fortschritte in der Sequenziertechnik liegen für einige Arten die Genome von vielen Individuen vor. Die DNA-Sequenzen zweier Individuen derselben Spezies sind sich generell zwar sehr ähnlich, weisen aber auch an vielen Stellen Unterschiede auf. Ähnlichkeiten und Unterschiede können z.B. durch einen Pangenom-Graphen dargestellt werden, wobei der Begriff Pangenom die gesamte bekannte DNA-Variation innerhalb einer Spezies umfasst. Es soll eine Datenstruktur entwickelt werden, die geeignet ist, möglichst viele der vom Computational Pan-Genomics Consortium geforderten Funktionalitäten effizient zu unterstützen. Auch für sehr große Datenmengen muss es möglich sein, eine solche Pangenom-Struktur effizient zu konstruieren und zu speichern.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen