B-Zell-Differenzierung in der Keimzentrumsreaktion und das daraus resultierende Gedächtnis-B-Zell-Kompartiment im Menschen
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Die Keimzentrumsreaktion ist der zentrale Prozess der T-Zell-abhängigen humoralen Immunantwort und ist für die Affinitätsreifung von Antikörpern und die Bildung von langlebigen Gedächtnis-B-Zellen und Plasmazellen unerlässlich. Wir haben eine multimodale Einzelzellanalyse von isolierten Keimzentrums-B-Zellen aus acht menschlichen Tonsillen durchgeführt, um ein besseres Verständnis der B-Zell-Differenzierungsprozesse im Keimzentrum zu erhalten. Wir identifizierten 48 verschiedene Stadien der B-Zell-Differenzierung und ordneten ihnen spezifische Prozesse zu. Die Sequenzen der Immunoglobulin (Ig)V-Region der einzelnen Zellen enthüllten die Komplexität der laufenden somatischen Hypermutation und Selektion in den Keimzentren. Wir haben auch zu einer allgemeinen multimodalen Einzelzellanalyse eines menschlichen Tonsillen-Zellatlas beigetragen. Eine groß angelegte Analyse der Komplexität des menschlichen Gedächtnis-B-Zellkompartiments durch Sequenzierung von Immunglobulin-V-Genen von neun Gedächtnis-B-Zelluntergruppen aus Aphareseprodukten gesunder erwachsener Spender ist derzeit im Gange. Bioinformatikstudien befassten sich mit dem Wert eindeutiger molekularer Identifikatoren (UMIs) bei der Hochdurchsatz-Sequenzierung, testeten optimale Methoden zur Identifizierung von Zellmultipletts in Einzelzell-RNA-Sequenzierungsstudien und führten zur Etablierung einer Analysepipeline für die Auswertung von Einzelzell-IgV-Gen-Hochdurchsatz-Sequenzierungen.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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IgGeneUsage: differential gene usage in immune repertoires. Bioinformatics, 36(11), 3590-3591.
Kitanovski, Simo & Hoffmann, Daniel
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The life of B cells according to JEM. Journal of Experimental Medicine, 218(5).
Küppers, Ralf
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UMI or not UMI, that is the question for scRNA-seq zero-inflation. Nature Biotechnology, 39(2), 158-159.
Cao, Yingying; Kitanovski, Simo; Küppers, Ralf & Hoffmann, Daniel
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Human IgM–expressing memory B cells. Frontiers in Immunology, 14.
Budeus, Bettina; Kibler, Artur & Küppers, Ralf
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An atlas of cells in the human tonsil. Immunity, 57(2), 379-399.e18.
Massoni-Badosa, Ramon; Aguilar-Fernández, Sergio; Nieto, Juan C.; Soler-Vila, Paula; Elosua-Bayes, Marc; Marchese, Domenica; Kulis, Marta; Vilas-Zornoza, Amaia; Bühler, Marco Matteo; Rashmi, Sonal; Alsinet, Clara; Caratù, Ginevra; Moutinho, Catia; Ruiz, Sara; Lorden, Patricia; Lunazzi, Giulia; Colomer, Dolors; Frigola, Gerard; Blevins, Will ... & Heyn, Holger
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B Cell Differentiation and the Origin and Pathogenesis of Human B Cell Lymphomas. Methods in Molecular Biology, 1-30. Springer US.
Weniger, Marc A.; Seifert, Marc & Küppers, Ralf
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Single Cell VDJ Sequencing of Normal and Malignant B and T Cells. Methods in Molecular Biology, 295-346. Springer US.
Schnormeier, Ann-Kathrin & Budeus, Bettina
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Stroke and myocardial infarction induce neutrophil extracellular trap release disrupting lymphoid organ structure and immunoglobulin secretion. Nature Cardiovascular Research, 3(5), 525-540.
Tuz, Ali A.; Ghosh, Susmita; Karsch, Laura; Ttoouli, Dimitris; Sata, Sai P.; Ulusoy, Özgür; Kraus, Andreas; Hoerenbaum, Nils; Wolf, Jan-Niklas; Lohmann, Sabrina; Zwirnlein, Franziska; Kaygusuz, Viola; Lakovic, Vivian; Tummes, Hannah-Lea; Beer, Alexander; Gallert, Markus; Thiebes, Stephanie; Qefalia, Altea; Cibir, Zülal ... & Singh, Vikramjeet
