Translationale Kontrolle der Proteinfaltung durch Elongationskinetiken (B14*)

• Fachliche Zuordnung: Biochemie
• Förderung: Förderung von 2021 bis 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 201302640

Viele Proteine beginnen sich bereits beim Austritt aus dem translatierenden Ribosom zu falten. Durch die Wechselwirkung zwischen synonymer Codonverwendung und dem zugehörigen tRNA Angebot kann die Proteinfaltung durch die Modulation der lokalen Translations¬geschwindigkeit begünstigt werden, wobei die zugrundeliegenden Mechanismen noch unbekannt sind. In Projekt B14 werden wir Ribosome Profiling mit limited proteolysis Massenspektroskopie (LiP MS) kombinieren, um den Einfluss von Schwankungen in der Verfügbarkeit von tRNAs und co translationalen Chaperonen auf die Proteinstruktur in Hefe genauer zu definieren. Durch diesen globalen Ansatz werden nicht nur Proteine identifiziert werden, deren Faltung durch die Elongationskinetik in vivo moduliert wird, sondern auch die zugrunde liegenden Muster in der mRNA-Sequenz und Proteinstruktur aufgedeckt werden. Für diese Subgruppe von Proteinen werden wir weitergehend die Natur und den Ursprung der Konformationsänderungen, die auf unterschiedlichen Translationsgeschwindigkeiten zurück¬zuführen sind, mit biophysikalischen Methoden untersuchen.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1035: Kontrolle von Proteinfunktion durch konformationelles Schalten
• Antragstellende Institution: Technische Universität München (TUM)
• Teilprojektleiterin: Professorin Dr. Danny Nedialkova