Development of computational models of the chlamydial interactomes and the investigation of secreted proteins in Protochlamydia amoebophila UWE25

• Applicant: Professor Dr. Thomas Rattei
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2007 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 46444709

Mit diesem Antrag verfolgen wir das Ziel, die derzeit nicht annotierten Proteine von Mikroorganismen mittels bioinformatischer Methoden zu analysieren. Wir planen die Entwicklung von Computermodellen von Interaktomen, die Ableitung von Gruppen funktioneil verbundener Proteine ("Funktionelle Module") und den Test sekretierter Proteine in Laborexperimenten. Unser vorgeschlagenes Projekt verwendet Chlamydien, die Modellorganismen für die Wechselwirkung zwischen Bakterien und eukaryotischen Zellen sind. Aufgrund ihres obligat intrazellulären Lebensstils und der fehlenden Möglichkeit zur genetischen Modifikation sind zahlreiche Aspekte ihrer Biologie noch immer nur wenig verstanden. Trotz der Verfügbarkeit einiger kompletter chlamydialer Genomsequenzen ist die bisherige funktioneile Annotation der Genprodukte nicht ausreichend, um komplexe Prozesse wie den spezifischen chlamydialen Entwicklungszyklus oder die Interaktion mit den Hostzellen auf molekularer Ebene umfassend zu verstehen. Für alle chlamydialen Genome werden wir im vorliegenden Antrag die Netzwerke der physischen und funktionellen Protein-lnteraktionen vorhersagen. Gruppen funktioneil verbundener Proteine werden aus den vorhergesagten Interaktomen sowie aus Datensätzen der funktionellen Genomik abgeleitet. Als Beispielanwendung in einem der zentralen Themengebiete der Chlamydienforschung soll die Sekretion von potentiellen physischen und funktionellen Interaktionspartnern für das Typ III und Typ IV Sekretionssystem in Protochlamydia amoebophila UWE25 experimentell untersucht werden.

• DFG Programme: Research Grants