Phosphoproteomanalyse der Plasmamembran im auditorischen Hirnstamm
Final Report Abstract
Im Rahmen des Projekts wurde ein Protokoll zur Identifizierung von möglichst vielen Phosphopeptiden aus kleinen Gewebeproben durch ein sequentielles Extraktionsprotokoll entwickelt. Seine exemplarische Validierung mit einer Cerebellum-Probe führte zur Identifizierung von 1501 nativen Phosphorylierungsstellen in 507 Proteinen. Die Analyse wurde in Zusammenarbeit mit Prof. O. Jensen aus Odense durchgeführt. Die Anwendung des Prokolls auf den auditorische Hirnstamm ergab, dass es sehr gut für die Isolierung von Phosphopeptiden aus dem Inferioren Colliculus (IC) geeignet ist (>1200 Phosphorylierungsstellen), jedoch aus unbekannten Gründen nicht für den superioren Olivenkomplex (SOC) (nur 270 Phosphorylierungsstellen). Daher wurden die Analysen auf den IC beschränkt. Um besonders interessante Phosphorylierungen aus dem umfänglichen Datensatz herausfiltern zu können, wurden neben dem IC aus Wildtyp (Wt) Mäusen auch die ICs aus 3 verschiedenen Taubheitsmodellen (Cld14-/-, Cav1.3-/- und Cochleaablation) isoliert. Der Vergleich des Phosphopeptidmusters zwischen Wt und diesen Taubheitsmodellen sollte die Identifizierung aktivitätsabhängiger Phosphorylierungsstellen erleichtern. Nach längeren und unerwarteten Schwierigkeiten konnten nur noch quantitative Peptidanalysen von 3 Mauslinien durchgeführt werden. Diese Daten werden zur Zeit analysiert und validiert.
Publications
- Monitoring the native phosphorylation state of plasma membrane proteins from a single mouse cerebellum. Journal of Neuroscience Merhods 213 (2013) 153-164
Jens Schindler, Juanying Ye, Ole Nørregaard Jensen, Hans Gerd Nothwang
(See online at https://doi.org/10.1016/j.jneumeth.2012.10.003)
