Identifizierung und funktionelle Charakterisierung neuer monogenetischer Ursachen für Spina Bifida
Humangenetik
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Angeborene Fehlbildungen treten bei etwa 3-6 % aller Neugeborenen auf und sind eine der Hauptursachen für die neonatale Sterblichkeit. Zu den häufigsten Fehlbildungen gehören angeborene Anomalien der Niere und der ableitenden Harnwege (engl. Congenital anomalies of the kidney and urinary tract, CAKUT), Neuralrohr- und Bauchwanddefekte. Viele Studien haben den Einfluss genetischer Ursachen auf die Entwicklung dieser Defekte gezeigt. Ziel meiner Forschung war es daher, mögliche neue genetische Ursachen für diese Fehlbildungen zu identifizieren und diese funktionell zu charakterisieren. Die Exom-Sequenzierungsdaten (ES) von 731 Familien mit CAKUT wurden analysiert, um neue Kandidatengene zu identifizieren. Eine Variante in einem potenziell neuen CAKUT-Gen wurde in 19,43 % der Familien gefunden. In einer dieser Familien wurde eine homozygote Nonsense-Variante in ETV4 identifiziert, die zu einem Totalverlust des Proteins führt. In der Literatur gibt es bisher nur eine CAKUT-Familie mit einer biallelischen Variante in ETV4, für die die Pathogenität nachgewiesen wurde. Die Entdeckung einer zweiten Familie mit isolierten CAKUT und einer homozygoten Variante in ETV4 bestätigt die Beteiligung von ETV4 an der Entstehung der monogenen autosomal rezessiven CAKUT. Die weitere Analyse von 229 Trio- Familien ermöglichte die Identifizierung von de novo-Varianten in 45 neuen Kandidatengenen bei 17,90 % der Familien. Es wurde eine Priorisierungsmethode entwickelt, die de novo- Varianten in SOX13 und PROX1 als vielversprechendste neue Ursachen für CAKUT identifizierte. Funktionelle Studien ergaben, dass die identifizierte SOX13- und mehrere PROX1-Mutanten im Vergleich zum Wildtyp einen Funktionsverlust aufweisen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass de novo-Varianten eine wichtige Rolle bei der Entwicklung von CAKUT spielen, und wir schlagen hier SOX13 und PROX1 als vielversprechende Kandidatengene für CAKUT vor. Durch ES wurden außerdem weitere Personen identifiziert, die von Neuralrohrdefekten und/oder CAKUT betroffen sind und Varianten im Kandidatengen MTMR8 tragen. Die Entdeckung weiterer Allelträger führt zu einer Stärkung von MTMR8 als Kandidatengen, was auf eine Beteiligung von MTMR8 an der Pathogenese beider Krankheiten hinweist. Darüber hinaus konnten wir ABL1 als erstes Kandidatengen für die familiäre isolierte Omphalozele identifizieren, eine Erkrankung, die durch eine Herniation von Bauchorganen gekennzeichnet ist. Durch ES wurde eine Spleißvariante in ABL1 entdeckt, die zu alternativem Spleißen und einem vorzeitigen Stoppcodon führt. Diese Spleißvariante zeigte im Vergleich zum Wildtyp eine abweichende subzelluläre Lokalisierung und Expressionsmuster, was auf einen Funktionsverlust hindeutet. Expressionsstudien in murinen Embryonen ergaben, dass Abl1 während der Schließung der Bauchdecke in der Nabelschnur exprimiert wird. Diese molekularen und experimentellen Befunde deuten darauf hin, dass ABL1 eine Rolle bei der Entwicklung der Omphalozele spielt. Die von mir gewonnenen Forschungsdaten verbessern unser Verständnis der Embryonalentwicklung und der Pathomechanismen von angeborenen Fehlbildungen. Darüber hinaus ermöglicht das Wissen um eine molekulargenetische Diagnose eine personalisierte genetische Beratung, eine optimierte klinische Versorgung, eine zukünftige Familienplanung und die Erforschung künftiger therapeutischer Optionen.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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Poster at American Society of Nephrology (ASN) 2022, Orlando, USA (Campbell-Fellowship travel grant): Kolvenbach CM, et al.: X-linked variations in SHROOM4 are implicated in congenital anomalies of the urinary tract and the anorectal, cardiovascular and central nervous systems.
Kolvenbach, Caroline M. et al.
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X-linked variations in SHROOM4 are implicated in congenital anomalies of the urinary tract and the anorectal, cardiovascular and central nervous systems. Journal of Medical Genetics, 60(6), 587-596.
Kolvenbach, Caroline M.; Felger, Tim; Schierbaum, Luca; Thiffault, Isabelle; Pastinen, Tomi; Szczepańska, Maria; Zaniew, Marcin; Adamczyk, Piotr; Bayat, Allan; Yilmaz, Öznur; Lindenberg, Tobias T.; Thiele, Holger; Hildebrandt, Friedhelm; Hinderhofer, Katrin; Moog, Ute; Hilger, Alina C.; Sullivan, Bonnie; Bartik, Lauren; Gnyś, Piotr ... & Dworschak, Gabriel C.
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A homozygous truncating ETV4 variant in a Nigerian family with congenital anomalies of the kidney and urinary tract. American Journal of Medical Genetics Part A, 191(5), 1355-1359.
Kolvenbach, Caroline M.; Zheng, Bixia; Merz, Lea M.; Mertens, Nils D.; Mansour, Bshara; Wang, Chunyan; Seltzsam, Steve; Schneider, Sophia; Schierbaum, Luca; Pantel, Dalia; Chen, Jing; van der Ven, Amelie T.; Bello, Jibril O.; Shril, Shirlee & Hildebrandt, Friedhelm
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Modelling human lower urinary tract malformations in zebrafish. Molecular and Cellular Pediatrics, 10(1).
Kolvenbach, Caroline M.; Dworschak, Gabriel C.; Rieke, Johanna M.; Woolf, Adrian S.; Reutter, Heiko; Odermatt, Benjamin & Hilger, Alina C.
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Poster at ASN 2023, Philadelphia, USA: Kolvenbach CM*, Merz LM*, et al.: Trio exome sequencing in individuals with CAKUT identifies de novo variants in potential novel candidate genes in 19.62%.
Kolvenbach, Caroline M.; Merz, Lea M. et al.
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Poster at International Workshop on Developmental Nephrology (IWDN) 2023, Quebec, Canada: Kolvenbach CM*, Merz LM*, et al.: Trio exome sequencing in individuals with CAKUT identifies de novo variants in potential novel candidate genes in 19.62%.
Kolvenbach, Caroline M.; Merz, Lea M. et al.
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Poster at Podocyte Meeting, 2023, Philadelphia, USA. Schneider R*, Mansour B*, Kolvenbach CM*, et al.: Phenotypic quantification of Nphs1-deficient mice.
Schneider, Ronen; Mansour, Bshara; Kolvenbach, Caroline M. et al.
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The genetics and pathogenesis of CAKUT. Nature Reviews Nephrology, 19(11), 709-720.
Kolvenbach, Caroline M.; Shril, Shirlee & Hildebrandt, Friedhelm
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Phenotypic quantification of Nphs1-deficient mice. Journal of Nephrology, 38(1), 143-152.
Schneider, Ronen; Mansour, Bshara; Kolvenbach, Caroline M.; Buerger, Florian; Salmanullah, Daanya; Lemberg, Katharina; Merz, Lea M.; Mertens, Nils D.; Saida, Ken; Yousef, Kirollos; Franken, Gijs A. C.; Bao, Aaron; Yu, Seyoung; Hölzel, Selina; Nicolas-Frank, Camille; Steinsapir, Andrew; Goncalves, Kevin A.; Shril, Shirlee & Hildebrandt, Friedhelm
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Poster at ASN 2024, San Diego, USA Kolvenbach CM, et al.: Heterozygous variants in PROX1 are implicated in CAKUT.
Kolvenbach, Caroline M. et al.
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Quantifiable and reproducible phenotypic assessment of a constitutive knockout mouse model for congenital nephrotic syndrome of the Finnish type. Scientific Reports, 14(1).
Lemberg, Katharina; Mertens, Nils D.; Yousef, Kirollos; Schneider, Ronen; Merz, Lea M.; Mansour, Bshara; Salmanullah, Daanya; Kolvenbach, Caroline M.; Saida, Ken; Yu, Seyoung; Hölzel, Selina; Steinsapir, Andrew; Goncalves, Kevin A.; Nicolas, Frank Camille; Franken, Gijs A. C.; Shril, Shirlee; Buerger, Florian & Hildebrandt, Friedhelm
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Quantitative phenotyping of Nphs1 knockout mice as a prerequisite for gene replacement studies. American Journal of Physiology-Renal Physiology, 326(5), F780-F791.
Buerger, Florian; Merz, Lea M.; Saida, Ken; Yu, Seyoung; Salmanullah, Daanya; Lemberg, Katharina; Mertens, Nils D.; Mansour, Bshara; Kolvenbach, Caroline M.; Yousef, Kirollos; Hölzel, Selina; Braun, Alina; Franken, Gijs A. C.; Goncalves, Kevin A.; Steinsapir, Andrew; Endlich, Nicole; Schneider, Ronen; Shril, Shirlee & Hildebrandt, Friedhelm
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Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease. Pediatric Nephrology, 39(10), 2939-2945.
Elmubarak, Izzeldin; Shril, Shirlee; Mansour, Bshara; Bao, Aaron; Kolvenbach, Caroline M.; Kari, Jameela A.; Shalaby, Mohamed A.; El Desoky, Sherif; Hildebrandt, Friedhelm & Schneider, Ronen
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Risk of meningomyelocele mediated by the common 22q11.2 deletion. Science, 384(6695), 584-590.
Vong, Keng Ioi; Lee, Sangmoon; Au, Kit Sing; Crowley, T. Blaine; Capra, Valeria; Martino, Jeremiah; Haller, Meade; Araújo, Camila; Machado, Hélio R.; George, Renee; Gerding, Bryn; James, Kiely N.; Stanley, Valentina; Jiang, Nan; Alu, Kameron; Meave, Naomi; Nidhiry, Anna S.; Jiwani, Fiza; Tang, Isaac ... & Gleeson, Joseph G.
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Talk at Chief’s meeting 2024 at Boston Children’s Hospital, USA: Discovery of novel CAKUT genes by de novo analysis.
Kolvenbach, Caroline M.
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Expanding the spectrum of novel candidate genes using trio exome sequencing and identification of monogenic cause in 27.5% of 320 families with steroid-resistant nephrotic syndrome. Genes & Diseases, 12(2), 101280.
Schneider, Ronen; Shril, Shirlee; Buerger, Florian; Deutsch, Konstantin; Yousef, Kirollos; Frank, Camille N.; Onuchic-Whitford, Ana C.; Kitzler, Thomas M.; Mao, Youying; Klämbt, Verena; Zahoor, Muhammad Y.; Lemberg, Katharina; Majmundar, Amar J.; Mansour, Bshara; Saida, Ken; Seltzsam, Steve; Kolvenbach, Caroline M.; Merz, Lea Maria; Mertens, Nils D. ... & Hildebrandt, Friedhelm
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Invited Speaker at International Pediatric Nephrology Association (IPNA), 2025, Cape Town, South Africa: Personalized therapeutic approaches in CAKUT
Kolvenbach, Caroline M.
