Thermodynamische Vorhersage konservierter Ribonukleinsäure-Strukturen

• Applicant: Professor Dr. Gerhard Steger
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2000 to 2005
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5253354

ConStruct ist ein Computer-Werkzeug zur Vorhersage von Konsensus-Sekundärstrukturen für Familien einzelsträngiger RNAs. Es basiert auf einem Algorithmus (Lück et al., 1996), der die Vorteile von thermodynamischer mit denen phylogenetischer, komparativer Strukturvorhersage kombiniert und ihre Nachteile vermeidet; insbesondere werden nur wenige Sequenzen für qualitativ hochwertige Vorhersagen benötigt. ConStruct beinhaltet eine grafische Benutzeroberfläche, die es auf einfache Weise dem Benutzer erlaubt, ein Sequenz-basiertes Alignment bezüglich einer Konsensus-Struktur zu optimieren (Lück et al., 1999). ConStruct soll im Antragszeitraum abschließend um mehrere Module mit folgenden Funktionen erweitert werden: 1. Ausgabe von suboptimalen Strukturen, was insbesondere für RNAs mit mehreren funktionalen Zuständen wichtig ist; 2. automatisierte Optimierung kleiner Strukturelemente, um zu objektiven Aussagen an kritischen Strukturstellen zu gelangen; 3. Erweiterung der Korrelationsanalyse auf das komplette Alignment als Grundlage zur Vorhersage von Teritiärstrukturelementen; 4. Einbindung zusätzlicher Energie-Minimierungsprogramme, um bei diesem elementaren Teil Auswahlmöglichkeiten zu haben.

• DFG Programme: Research Grants