Punktmutationsdetektion durch festphasenvermittelte Single Nucleotide Primer Extension und MALDI-MS

• Applicant: Professor Dr. Joachim W. Engels (†)
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2000 to 2003
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5269084

Die Entschlüsselung des menschlichen Genoms wird zwangsläufig dazu beitragen, daß der Detektion von Punktmutationen zur Aufklärung von Krankheiten größere Bedeutung zukommen wird. Neue, schnelle, wenn möglich automatisierbare Analysemethoden müssen zum Einsatz kommen, um entsprechende Standardtests durchführen zu können. Ziel dieses Forschungsvorhabens ist die Verwendung einer Festphasenstrategie in Kombination mit der MALDI-Massenspektrometrie, um Punktmutationen ohne die Anwendung von Elektrophorese detektieren zu können. Dazu wird ein Primer über einen photolytisch spaltbaren Linker an eine feste Phase gebunden, dessen Oligonukleotidsequenz komplementär zur Zielsequenz der mutierten DNA ist. Nach dem SNuPE-Verfahren endet der Primer direkt vor der zu detektierenden Punktmutation. Mittels einer sich daran anschließenden Polymerasereaktion wird der Primer um genau eine Base verlängert, und zwar um diejenige, welche komplementär zur korrekten DNA oder zur Mutation ist. Das Reaktionsprodukt kann dann direkt mittels MALDI-MS photolytisch von der festen Phase getrennt und analysiert werden. Vorteil dieser Methode ist ihr geringer Zeitaufwand und die Detektion ohne zusätzliches Label und Reinigung durch Elektrophorese.

• DFG Programme: Research Grants