Characterization of IBD-DNA in porcine hernia inguinalis and scrotalis using "genomic mismatch scanning" (GMS)

• Applicant: Professor Dr. Bertram Brenig
• Subject Area: Animal Breeding, Animal Nutrition, Animal Husbandry
• Term: from 2000 to 2005
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5293691

"Genomic mismatch scanning(GMS)" ist ein relativ neues Verfahren zur genetischen Kartierung, mit dem DNA-Bereiche, die zwischen zwei komplexen Genomen identisch sind (IBD-DNA), isoliert werden. Die IBD-DNA wird in zwei Schritten isoliert: (i) Nach einer Hybridisierung der Genome werden Heterohybride mit einer Kombination von Restriktionsmethylasen und methylierungssensitiven Endonukleasen aufgereinigt und (ii) anschließend Heterohybride mit Nukleotidfehlpaarungen in vitro mit den E. coli Reparaturenzymen MutHLS eliminiert. Übrig bleiben Heterohybride ohne Nukleotidfehlpaarungen, deren genomischer Ursprung durch Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) auf Metaphase-Chromosomen und Klonierung von PACs weiter untersucht wird. Der Vorteil von GMS besteht darin, daß ohne Kenntnis der Ätiologie eines genetischen Defekts, die Kartierungsgenauigkeit eines theoretisch unbegrenzt informativen Markersets erreicht wird, ohne dabei die Anzahl der zu untersuchenden Individuen (Meiosen)erhöhen zu müssen. Gerade bei komplexen genetischen Merkmalen, wie sie in der Tierzucht in Form der QTLs von Bedeutung sind, bietet GMS einen weitaus innovativeren Ansatz zur Isolierung ursächlicher Gene, als die traditionelle Mikrosatellitentypisierung mit nachfolgender positioneller Klonierung oder Kandidatengenanalyse. Wie aus der Literatur ersichtlich, wurde GMS bei landwirtschaftlichen Nutztieren bisher nicht eingesetzt. GMS stellt gerade bei der "affected-relativ-pair" Kopplungsanalyse das ideale Verfahren zur Aufklärung einer genetischen Erkrankungen oder eines QTLs dar. Im vorliegenden Antrag soll GMS zur Aufklärung der genetischen Ursache der porcinen Hernia inguinalis oder scrotalis eingesetzt werden.

• DFG Programme: Research Grants