Structure of RNA polymerase II transcription complexes

• Applicant: Professor Dr. Patrick Cramer
• Subject Area: Structural Biology ; Biochemistry
• Term: from 2001 to 2013
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5357062

• Final Report Year: 2014

Final Report Abstract

Die erzielten Ergebnisse führen zu einem detailierten Verständnis einiger Aspekte der Abschrift von Genen während der sogenannten Transkription. Insbesondere ist es gelungen, in atomarem Detail und in drei Dimensionen darzustellen, wie Fehler bei der Genabschrift entstehen können, falls die DNA durch Oxidationsagentien geschädigt ist und wie Fehler bei der Genabschrift ausgebessert werden können. Des weiteren wurde erstmals ein Modell erhalten, das aufzeigt, wie die Genabschrift am Anfang eines Gens, am sogenannten Promoter, beginnt. Die strukturelle Funktion zweier Proteine, TFIIB und TFIIF, die an diesem Prozess beteiligt sind, wurde aufgeklärt. “Wie die Zelle Blockaden der Genabschrift auflöst”, Pressemitteilung Ludwig-Maximilians-Universität München, 24. Februar 2011 "Start von der Pole-Position - Wie die Abschrift eines Gens beginnt", Pressemitteilung Ludwig-Maximilians-Universität München, 9. Oktober 2009 "Beobachtung der RNA-Entstehung verfeinert: Positionierungssystem liefert verlässliche Fehlerabschätzung", Pressemitteilung Ludwig-Maximilians-Universität München, 13. Oktober 2008

Publications

• Structural basis of transcription inhibition by α-amanitin and implications for RNA polymerase II translocation. Nat Struct Mol Biol. 2008, 15, 811-818
  Brueckner F, Cramer P
  
• Molecular basis of transcriptional mutagenesis at 8-oxoguanine. J Biol Chem. 2009, 284, 31658-31663
  Damsma GE, Cramer P
  
• RNA polymerase II-TFIIB structure and mechanism of transcription initiation. Nature. 2009, 462, 323-330
  Kostrewa D, Zeller ME, Armache KJ, Seizl M, Leike K, Thomm M, Cramer P
  
• Structural basis of transcription: mismatch-specific fidelity mechanisms and paused RNA polymerase II with frayed RNA. Mol Cell. 2009, 34 710-721
  Sydow JF, Brueckner F, Cheung AC, Damsma GE, Dengl S, Lehmann E, Vassylyev D, Cramer P
  
• Architecture of the RNA polymerase II-TFIIF complex revealed by cross-linking and mass spectrometry. EMBO J. 2010, 29, 717-726
  Chen ZA, Jawhari A, Fischer L, Buchen C, Tahir S, Kamenski T, Rasmussen M, Lariviere L, Bukowski-Wills JC, Nilges M, Cramer P, Rappsilber J
  
• Structural basis of initial RNA polymerase II transcription. EMBO J. 2011, 30, 4755-4763
  Cheung AC, Sainsbury S, Cramer P