Development of a computer-based system for the identification of recurring genomic changes in complex tumor cytogenetic databases

• Applicant: Professor Dr. Harald Rieder
• Subject Area: Human Genetics
• Term: from 2003 to 2006
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5403561

Die Chromosomenbandanalyse gibt einen Überblick über Veränderungen des Genoms und ist unübertroffen bei der Frage, genetische Veränderungen auf dem Niveau einzelner Zellen zu erfassen. Die Aufschlüsselung der zeitlichen Abfolge des Auftretens und die Art der Kombination von zusätzlichen Chromosomenaberrationen im Rahmen einer klonalen Evolution können Hinweise auf genetische Mechanismen der Tumorprogression geben. Dabei können komplexe Karytypveränderungen das Muster von genetischen Veränderungen verschleiern. In dem geplanten Vorhaben soll ein computergestütztes System für die Aufdeckung wiederkehrender genomischer Veränderungen in komplexen tumorzytogenetischen Datenbeständen entwickelt werden. Das geplante System soll auf einer speziell für die elektronische Datenverarbeitung neu entwickelten vereinfachten Notation von Chromosomenbefunden aufsetzen. Ein lernfähiges Übersetzungsmodul soll erstellt werden, das Karyotypformeln automatisch in diese Notation überträgt. Das System soll in der Notation niedergelegten Daten in Plattform-unabhängigem und internetfähigem Format auslesen und für die weitere statistische Aufarbeitung bereitstellen. Es ist zu erwarten, dass mit dem geplanten System eine deutliche Verbesserung der Auswertung und der weiteren wissenschaftlichen Verwertbarkeit von Datenbeständen auf dem Gebiet der Tumorzytogenetik erreicht werden kann.

• DFG Programme: Research Grants