Erzeugung einer hochauflösenden vergleichenden 5000 rad Radiation-Hybrid-Genkarte für das Schafgenom

• Applicant: Privatdozent Dr. Tom Goldammer
• Subject Area: Animal Breeding, Animal Nutrition, Animal Husbandry
• Term: from 2004 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5430691

Die vergleichende Genomanalyse erlaubt die Orientierung von Genkarten zwischen Spezies und über die Kartierung evolutionärer Bruchprunkte eine beschleunigte Identifiziertung merkmals assoziierter Kandidatengene. Sie ist eine wesentliche Voraussetzung zumn Nachweis kausaler Genvarianten für die markergestützte Selektion. Eine hochauflösende Schafgenkarte mit vergleichend kartierten Ankerloci existiert noch nicht. Die physische Genkarte des Schafes ist mit 259 Loci im Vergleich zu Genkarten anderer Spezies (Mensch ca. 14000 Gene) kaum entwickelt. Kopplungsanalysen in Referenzfamilien des Schafes halfen, zahlreiche Genomregionen mit Kopplung zu ökonomisch bedeutsamen Merkmalen (z.B. für Krankheitsmerkmale, Wolle, Wachstum, Reproduktion, Milch) einzugrenzen. Ohne kartierte Gene in diesen Regionen, sind aber weiterführenden Untersuchungen, wie positionelles Klonieren von Kandidatengenen, kaum möglich. mit der vergleichenden Radiation-Hybrid (RH)-Kartierung, als eine der erfolgreichsten Methoden bei der Erzeugung hochauflösender Genkarten, lassen sich Gene und informative Marker in einer Karte integrieren. Markerintervalle können gezielt mit Kandidatengenen gefüllt werden. Das vorliegende Projekt ist deshalb auf die Erzeugung einer hochauflösenden vergleichenden Schaf-RH-Genkarte ausgerichtet. Im Rahmen einer internationalen Zusammenarbeit sollen in einem ovinen RH5000-Panel die Loci von ca. 1500 Genen und informativen Markern bestimmt werden.

• DFG Programme: Research Grants