Community composition of the bacterioplanktons in the Southern Ocean

• Applicant: Professor Dr. Meinhard Simon
• Subject Area: Atmospheric Science, Oceanography and Climate Research
• Term: from 2004 to 2009
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5431180

Im beantragten Forschungsvorhaben soll die Verbreitung, Diversität und Abundanz eines kürzlich definierten eng umgrenzten Roseobacter-Clusters, das RCA (Roseobacter Clade Affiliated) Cluster, im Vergleich zum Roseobacter-Zweig und dem SAR11-Zweig der al-pha-Proteobakterien im Südpolarmeer mittels real time PCR untersucht werden. Dabei kommen Zielgruppen-spezifische Primer zur Amplifikation von Fragmenten der 16S rRNA-Gene zum Einsatz. Voruntersuchungen der Antragsteller hatten gezeigt, dass das RCA-Cluster etwa 20% der Domaine der Bacteria im Südpolarmeer umfasst und damit ein wichtiges strukturelles Element des Bakterioplanktons im Südpolarmeer ist. Die Diversität innerhalb des Roseobacter- und SAR11-Zweiges wird mittels DGGE und Zweig-spezifischer Primersysteme und nach Sequenzierung charakteristischer DGGE-Banden a-nalysiert. Die Untersuchung erfolgt mit Proben, die während der Forschungsfahrt ANT XVI/3 von März bis Mai 1999 von nördlich der subtropischen Front über die subantarktische Front, die Polarfront bis ins Weddellmeer und in den antarktischen Küstenstrom genommen worden sind.

• DFG Programme: Infrastructure Priority Programmes
• Subproject of: SPP 1158: Infrastructure area - Antarctic Research with Comparative Investigations in Arctic Sea Ice Areas
• Participating Person: Professor Dr. Thorsten Brinkhoff