Detailseite
Projekt
Verarbeitung, Management, Analysen und integrative Modellierung von mehrskaligen OMICS Daten
Antragstellerinnen / Antragsteller
Professor Dr. Philipp Altrock; Privatdozent Dr. Michael Forster; Dr. Alina Hartmann
Fachliche Zuordnung
Hämatologie, Onkologie
Förderung
Förderung seit 2025
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 444949889
Die Plattform für Bioinformatik und Modellierung (INF) ist eine interdisziplinäre, multi-PI Einheit der klinischen Forschergruppe (KFO) CATCH ALL. INF hat erfolgreich OMICS-Daten verarbeitet, verwaltet und integriert, datengetriebene Forschung ermöglicht und klinische Entscheidungsfindung verbessert. Zudem hat INF seine bioinformatischen und analytischen Kapazitäten über verschiedene Forschungsprojekte hinweg ausgebaut und gleichzeitig Pipelines für Datenanalysen und maschinelles Lernen weiterentwickelt - stets unter Berücksichtigung der FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Die langfristigen Ziele sind: (1) Klinisches Datenmanagement: Fortsetzung der Unterstützung der KFO durch effiziente Datenverwaltung. (2) Künstliche Intelligenz & maschinelles Lernen: Entwicklung von Modellen zur molekularen und zellulären Leukämie-Klassifikation, um das biologische und klinische Verständnis der Krankheit zu verbessern. (3) Computergestützte Modellierung: Optimierung bestehender und Entwicklung neuer computergestützter Tools zur Erforschung der Krankheitsentwicklung und zur Verbesserung von Behandlungsstrategien. Die Kernaktivitäten sind:- Datenverarbeitung & -management: Verwaltung und Klassifizierung von OMICS- und Bilddaten.- Standardisierte & maßgeschneiderte Analysepipelines: Anpassung von Workflows für verschiedene Anwendungen.- Datengetriebene Modellierung: Einsatz von KI und Modellierung zur Untersuchung der molekularen Heterogenität und Leukämieprogression.So betreibt INF datengetriebene Forschung, einschließlich molekularer Charakterisierung von ALL, differentieller Genexpressionsanalyse, Immun-Analysen der Tumormikroumgebung und computergestützter Modellierung des Wachstums und der Evolution von Leukämien. Die Zielsetzungen sind: 1. Verbesserung der Datenmanagement- und Analysedienste verschiedener klinischer Forschungsprojekte.2. Pflege und Weiterentwicklung von Analysepipelines mehrstufiger Datensätze.3. Digitaler Modelle zur Vorhersage und Prognose der Leukämie-Evolution.Dieser Projektantrag ist in drei Arbeitspakete gegliedert. Erstens, die Bereitstellung der Daten- und Analyseinfrastrukturen innerhalb von CATCH ALL. Zweitens, die Weiterentwicklung computergestützter Verfahren, wie z.B. die Implementierung von neuronalen Netzen zur Klassifizierung, Untersuchung der molekularen Heterogenität (auf Bulk- und Einzelzellebene), der Integration bildgebender Verfahren, die Entwicklung prädiktiver Modelle für molekulare Subtyp-Diagnostik, sowie die Erforschung geschlechtsspezifischer Genexpressionsmuster. Drittens, die Entwicklung neuer computergestützter Methoden zur Erforschung der Krankheitsprogression mittels Leukämie-Evolution und „digital twin“-Modellen.INF setzt sich zudem für Wissenschaftskommunikation ein, indem es gemeinsame Erkenntnisse an die Öffentlichkeit kommuniziert, sowie die Reichweite der Forschergruppe in akademischen und öffentlichen Bereichen, auf lokalen und regionalen Ebenen, ausbaut.
DFG-Verfahren
Klinische Forschungsgruppen
