Structure and function of replication-hyperstructures in Escherichia coli
Final Report Abstract
Die Frage nach der Zusammensetzung und Funktionsweise der Replikations-Hyperstruktur steht im Zentrum der Forschung zur DNA-Replikation in Escherichia coli. Das wichtigste Ziel des Projektes war die Charakterisierung der Hyperstruktur-Bestandteile. Hierzu wurde zum ersten Mal die dynamische Bindung des SeqA-Proteins an DNA-Bereiche hinter den Replikationsgabeln gezeigt. Für die genomweite Detektion hemi-methylierter DNA wurde eine völlig neue Methode entwickelt. Mit dieser Methode konnte gezeigt werden, dass die Hemi-Methylierung mit der SeqA-Bindung korrelieren. Über diese neuen Erkenntnisse zur DNA-Replikation hinaus konnte gezeigt werden, dass viele ChIP on Chip-Protokolle eine Vielzahl von Artefakten produzieren. Die Ursachen dafür wurden identifiziert und ein optimiertes Verfahren entwickelt, in welchem solche Artefakte minimiert sind.
Publications
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(2009) The Escherichia coli SeqA protein. Plasmid 61(3), 141- 50
Waldminghaus T., Skarstad K.
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(2010) ChIP on Chip: surprising results are often artifacts. BMC Genomics 11, 414
Waldminghaus, T., and Skarstad, K.
