Komponenten der systemischen Antwort auf abiotischen Stress in Arabidopsis thaliana
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Im Projekt wurde versucht, einen neuartigen forward genetics Screen zur Identifizierung von Genen zu etablieren, deren Produkte an der systemischen Reaktion von Arabidopsis thaliana auf abiotischen Stress beteiligt sind. Dazu wurden nach eingehenden bioinformatischen Untersuchungen Gene identifiziert und experimentell verifiziert, die nach Salzbehandlung der Wurzel ausschließlich im nicht behandelten Organ systemisch aktiv sind (systemische Expressionstrajektorie des Typs I). Die Promotoren dieser Gene wurden gemeinsam mit Promotoren repräsentativer Gene für die nicht-systemische und die Typ II-systemische Expressionstrajektorie kloniert. Der Versuch, diese Promotoren in einem zu etablierenden binären Vektor vor die für einen Screen nötigen Reportergene (LUC, GFP) zu klonieren, scheiterte jedoch: Das Plasmid war instabil. Obwohl unter Einsatz einer neuen Klonierungsstrategie die Generierung eines neuen Reportervektors angegangen wurde, waren die im Rahmen des Projekts geplante Herstellung von transgenen Linien, ihre chemische Mutagenese, das Durchmustern der Mutantenpopulationen und das Kartieren der Mutationen nicht mehr möglich.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
-
(2008). The analysis of gene expression and cis-regulatory elements in large microarray expression data sets. Quantum Bio-Informatics 21, 294-314
Wanke D, Kilian J, Supper J, Berendzen KW, Zell A, Harter K
-
(2009). A basic introduction to gene expression studies using microarray expression data analysis. Quantum Bio-Informatics 24, 314-326
Wanke D, Kilian J
-
(2009). Insights into the Arabidopsis abiotic stress response from the AtGenExpress expression profile dataset. In: Plant Stress Biology (ed.: Hirt H), p. 199-225; WILEY-VCH Verlag, Weinheim Germany
Wanke D, Berendzen KW, Kilian J, Harter K
-
(2009). Integrating biological perspectives: A quantum leap for microarray expression analysis. Quantum Bio-Informatics 24, 327-344
Wanke D, Kilian J, Bloss U, Mangelsen E, Supper J, Harter K, Berendzen KW
-
(2010). Regulatory networks: inferring functional relationships through co-expression. Quantum Bio-Informatics 26, 405- 424
Wanke D, Hahn A, Kilian J, Harter K, Berendzen KW
-
(2011). Quantile-quantile plots: an approach for the inter-species comparison of promoter architecture in eukaryotes. Quantum Bio-Informatics 28, 373-386
Feldmeier K, Kilian J, Harter K, Wanke D, Berendzen KW
-
(2012). Prerequisites, performance and profits of transcriptional profiling the abiotic stress response. Biochim Biophys Acta 1819, 166-175
Kilian J, Peschke F, Berendzen KW, Harter K, Wanke D
-
(2013). Plant core environmental stress response genes are systematically coordinated during abiotic stresses. Int J Mol Sci 14, 7617-7641
Hahn A, Kilian J, Mohrholz A, Ladwig F, Peschke F, Dautel R, Harter K, Berendzen KW, Wanke D
