Chip-basierte DNA- und RNA-Analyse Plattform

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2008
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 90826012

Ein Ziel des ZBSA ist die Erhebung quantitativer Daten von vielen Systemkomponenten und die anschließende Integration der Daten in prädiktive Modelle. Einen wichtigen Eckpfeiler für die Primärdatenerhebung stellen die vier Kernkompetenzen Genomics, Proteomics, Life Imaging und Metabolomics dar. Um die erfolgreiche Durchführung der erwähnten Projekte zu ermöglichen und die zuvor beschriebenen systembiologischen Fragestellungen als Core Facility Genomics im Rahmen des ZBSA erfolgreich bearbeiten zu können, müssen wir eine Primärdatenerhebung gewährleisten, die zum einen vergleichbare Daten auf internationalem Niveau generiert und zum anderen die Vielfalt der geforderten Analysen im Bereich der Hochdurchsatz-Datenerhebung gewährleistet. Die Analyseplattform gewährleistet die zuvor erwähnte Vergleichbarkeit und Reproduzierbarkeit der generierten Daten. Dies beinhaltet im Bereich der Genotypisierung von SNPs, basierend auf der Vielfalt der möglichen Chips in Kombination mit dem Custom-Made-Design eine effiziente und erfolgreiche Durchführung von Whole Genome Assoziationsstudien. Des Weiteren stellt die SNP basierte Analyse von Aberrationen der Plattform (SNP-CGH) in Kombination mit der Analyse von CNVs eine Erweiterung der bisherigen Array-CGH Techniken dar. Eine weitere Besonderheit der beantragten Plattform ist die Analyse von in Formalin/Paraffin fixierten Gewebeproben mittels des DASL-Systems. Das zuvor genannte Applikationsspektrum der Plattform stellt besonders im Bereich der Genotypisierung von SNPs (tag SNPs) eine entscheidende Erweiterung für den Forschungsstandort Freiburg und insbesondere für die Datenerhebung im ZBSA dar.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Instrumentation Group: 3170 DNA-Array-Systeme
• Applicant Institution: Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
• Leader: Dr. Thorsten Kurz