Entschlüsselung des mRNPs an vorzeitigen Terminationskodons

• Antragstellerin: Privatdozentin Dr. Gabriele Neu-Yilik
• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Biochemie ; Zellbiologie
• Förderung: Förderung von 2016 bis 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 313476405

Da übergeordnete Ziel dieses Projekt ist es, möglichst umfassend die molekularen Vorgänge während der verfrühten Translationstermination aufzuklären, die letztlich zum mRNA-Abbau durch den NMD führen. Wir werden auf das experimentelle System aufbauen, das wir während der ersten Bewilligungsphase etabliert oder neu entwickelt haben. Dieses System umfasst ein vollständig rekonstituiertes in vitro Translationssystem, selektives "ribosomal profiling", Affinitätsreinigung von an NMD-Faktoren gebundenen Ribosomen und nachfolgende massenspektrometrische Analyse (AP-MS) sowie Strukturstudien. Im Einzelnen werden wir zum ersten die Funktionsbedingungen von UPF3B in der Translationstermination vertieft untersuchen und die unmittelbare Funktion und das Interaktionsnetzwerk von SMG6 als terminationsabhängige mRNA-Endonuklease sondieren. Zum zweiten werden wir mit Hilfe von genomeditierten Zelllinien Terminationsfaktor- und NMD-Faktor-gebundene translatierende Ribosomen per Affinitätschromatographie aufreinigen und diese durch (1) Massenspektroskopie und (2) "ribosomal profiling" analysieren. Die Ergebnisse werden zu einem vertieften Verständnis von gewebs- und transkriptspezifischen NMD-Typen beitragen und die Entdeckung von unbekannten Protein:Protein - und Protein:mRNA-Interaktionen an verfrüht terminierenden Ribosomen ermöglichen.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1935: Deciphering the mRNP code: RNA-bound determinants of post-transcriptional gene regulation
• Mitverantwortliche: Professor Dr. Matthias Hentze; Professor Dr. Andreas Eckhard Kulozik, Ph.D.