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Projekt
Neue Methoden zur Untersuchung von RNA Modifikationsdynamik
Antragstellerin
Professorin Dr. Stefanie Kaiser
Fachliche Zuordnung
Analytische Chemie
Förderung
Förderung von 2018 bis 2022
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 404941942
RNA wird nach der Transkription prozessiert und meistens mehrfach, in Form einer Methylierung oder Thiolierung, modifiziert. Diese Modifikationen der vier Hauptnukleoside dienen unter anderem dem Fine-Tuning von der Translation. So wurde beobachtet, dass tRNA aus gestressten Zellen eine andere Modifikationsdichte hat, als tRNA aus ungestressten Zellen. Wie die Zelle diese Anpassung mechanistisch erreicht, ist unklar.In diesem Projekt haben wir das Ziel, die Mechanismen dieser Anpassung für ausgesuchte Modifikationen zu erforschen. Dazu wollen wir unsere einzigartige Technik, die Nukleinsäure-Isotopenmarkierung gekoppelte Massenspektrometrie (NAIL-MS), verwenden, um eine genaue Unterscheidung der Herkunft der RNA treffen zu können. Mit Hilfe dieser Methode sind wir in der Lage zu unterscheiden, ob die RNA zum Zeitpunkt des Stresses verändert wird, oder ob neu transkribierte RNA, zur Adaption an den Stress, verändert wird. Wir planen diese Untersuchungen, in tRNA sowie in ribosomaler RNA (rRNA) von Hefezellen, durch Quantifizierung der durch Totalverdau entstandenen Nukleoside. Des Weiteren planen wir die Etablierung einer Oligonukleotid basierten NAIL Technik. Diese Oligo-NAIL-MS Technik wird vergleichbar sein zu SILAC Proteomics in der Proteinforschung. Wir wollen diese neue Methode in erster Linie zur Untersuchung der Modifikationen in rRNA anwenden und herausfinden, in wie weit Stress die Modifikationsdichte an definierten Positionen verändert.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
