Ein "Multi-Omics" Analyseansatz inklusive Strukturvarianten zur Identifizierung von neuen Zielstrukturen im Medulloblastom

• Antragsteller: Professor Dr. Tobias Marschall; Professor Dr. Guido Reifenberger, Ph.D.; Professor Dr. Marc Remke
• Fachliche Zuordnung: Kinder- und Jugendmedizin ; Hämatologie, Onkologie ; Humangenetik
• Förderung: Förderung seit 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 497790467

Pädiatrische Hirntumoren sind die häufigste Ursache für krebsbedingte Todesfälle bei Kindern. Trotz erheblicher Fortschritte in der Grundlagenforschung und der Behandlung dieser Tumoren besteht nach wie vor ein dringender Bedarf an wirksameren Therapien, insbesondere für maligne Hirntumoren wie dem Medulloblastom. Im Vergleich zu transkriptionellen, genetischen und epigenetischen Profilen ist die genomische Landschaft von Medulloblastomen hinsichtlich struktureller DNA Variationen (SVs) bislang noch deutlich weniger gut erforscht. Eine umfassende Identifizierung von SVs in pädiatrischen Hirntumoren und die Charakterisierung der molekularen Pathomechanismen, welche das Tumorwachstum als Folge dieser SVs vorantreiben, ist daher dringend erforderlich, nicht zuletzt um die Entwicklung neuer, effektiverer Behandlungsansätze für diese Tumoren voranzutreiben. Zu diesem Zweck wollen wir in diesem Projekt einen hochintegrativen „Multi-Omics“ Ansatz inklusive Long-Read-Sequenzierung von Medulloblastomen durchführen, um die SVs in diesen Tumoren umfassend zu charakterisieren und neuartige onkogene Treiber zu entdecken. Wir werden eine de novo-Genomassemblierung an unserer molekular (einschließlich DNA-Methylierung, Kopienzahlanalyse, RNA-Sequenzierung und Phospho-Proteom-Profilierung) und klinisch bereits sehr gut charakterisierten Kohorte von 40 Medulloblastom-Patienten durchführen. Diese neu generierten Daten werden in einem multidimensionalen Ansatz analysiert und sollen so einen umfassenden Überblick über die genomischen Landschaften einschließlich der SVs in diesen Tumoren liefern, der das Verständnis ihrer molekularen Pathogenese erheblich verbessern und dadurch neue therapeutische Ziele aufdecken wird.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen